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Characterization of NDR kinase signalling pathways during septum formation in Neurospora crassa

dc.contributor.advisorSeiler, Stephan PD Dr.
dc.contributor.authorHeilig, Yvonne
dc.date.accessioned2013-11-27T10:31:54Z
dc.date.available2013-11-27T10:31:54Z
dc.date.issued2013-11-27
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-0001-BAF8-E
dc.identifier.urihttp://dx.doi.org/10.53846/goediss-4190
dc.description.abstractDie Zellteilung/Zytokinese ist ein grundlegender zellulärer Prozess und essentiell für das Wachstum von einzelligen und mehrzelligen Organismen. Reguliert wird dieser Prozess durch komplexe molekulare Mechanismen sowie einer Vielzahl von interaktiven Netzwerken. In Pilzen koordiniert eine Kinase-Kaskade, das Septierungs-Initiierungs Netzwerk (SIN) das Fortschreiten des Zellzyklus mit dem Beginn der Zellteilung und kontrolliert die Septenbildung. Fehlregulation des homologen Hippo Netzwerks in Tieren führt zu Gewebewucherungen und Tumorbildung, was die konservierte Bedeutung dieser Regulationsnetzwerke in verschiedenen Organismen unterstreicht. Obwohl die Septenbildung essentiell für das Wachstum und die Differenzierung von Schimmelpilzen ist, bleibt die Frage wie die Septierung reguliert wird und aus welchen Komponenten sich das SIN Netzwerk in filamentösen Pilzen zusammensetzt bisher noch unbeantwortet. Mit Hilfe von in silico Analysen konnten homologe Proteine für fast alle SIN Netzwerk Komponenten im Modellorganismus Neurospora crassa identifiziert werden. Die Analyse dieser vorhergesagten SIN Komponenten ermöglichte die Charakterisierung der SIN-Kinase-Kaskade, bestehend aus CDC-7, SID-1 und DBF-2 sowie den entsprechenden, regulatorischen Untereinheiten CDC-14 und MOB-1. Es konnte gezeigt werden, dass DBF-2 durch SID-1 am hydrophoben Motiv phosphoryliert und aktiviert wird und dass eine SID-1 abhängige Stimulation von DBF-2 durch Zugabe von CDC-7 weiter gesteigert wird. Diese Daten liefern den ersten biochemischen Nachweis für die schrittweise Aktivierung einer dreistufigen SIN-Kinase-Kaskade in Pilzen. Es wurde weiterhin gezeigt, dass die gesamte SIN Kaskade konstitutiv und Zellzyklus unabhängig an den Spindelpolkörpern akkumuliert und dass alle SIN Proteine an kontrahierenden Septen lokalisieren. Demzufolge ist im Gegensatz zu den einzelligen Pilzen die Lokalisation und Aktivität der SIN Komponenten in Synzytium-bildenden Ascomyzeten Zellzyklus unabhängig. Darüber hinaus deutet die Charakterisierung von DBF-2 Mutanten, in denen die beiden regulatorischen Aminosäuren (Ser499 and Thr671) mutiert sind, darauf hin, dass ein dynamischer Phosphorylierungs-/Dephosphorylierungszyklus des Ser499 entscheidend für die Aktivität und Funktion von DBF-2 in N. crassa ist. Diese Daten haben Einfluss auf das allgemeine Verständnis der Aktivierung von NDR Kinasen, denn bisher wurde für NDR Kinasen höherer Eukaryonten eine folgegebundene Phosphorylierung beider regulatorischer Reste angenommen. Der Ste20-verwandten Kinase MST-1 konnte eine Funktion als SIN-assoziierte Kinase, die parallel zu SID-1 agiert, zugeordnet werden. SID-1 und MST-1 werden auf entgegengesetzte Weise von der oberhalb agierenden SIN Kinase CDC-7 reguliert, was nahelegt, dass MST-1 für die Feinabstimmung des SIN erforderlich ist. Lifeact- und Formin-GFP Reporter Konstrukte zeigten, dass in der Δmst-1 Mutante abnormale, kortikale Actomyosin-Ringe gebildet werden, was eine Fehlpositionierung der Septen und die Bildung von unregelmäßigen Spiralen zur Folge hat. Diese Defekte entsprechen partiell jenen der MOR Mutanten. Diese Mutanten weisen ein defektes NDR Kinase Netzwerk auf, welches für das polare Wachstum verantwortlich ist (MOR). Es stellte sich heraus, dass MST-1 mit den zentralen MOR Kinasen POD-6 und COT-1 interagiert und sowohl die SIN Effektor Kinase DBF-2 als auch die MOR Effektor Kinase COT-1 aktiviert. Somit fungiert MST-1 als dual-spezifisches Enzym. Eine weitere Vernetzung beider Signalwege ist durch die Bildung von Heterodimeren gegeben. Die in dieser Studie identifizierten verschiedenen Ebenen der Vernetzung des SIN und MOR, sowie entsprechende Daten aus anderen Modellorganismen wie S. pombe und D. melanogaster, lassen vermuten, dass antagonistische Interaktionen zwischen homologen NDR Kinase Netzwerken ein genereller Mechanismus zur Koordination beider Signalwege darstellt und auch in höheren Organismen konserviert ist. Durch die Annotierung mehrerer Pilzgenome wurden zahlreiche Gene mit einer Homologie zu den S. cerevisiae BUD Genen auch in filamentösen Pilzen identifiziert. Epistatische und biochemische Analysen ergaben, dass das MOR Netzwerk als negativer Regulator der Septenbildung oberhalb des BUD komplex fungiert und dass COT-1 im Gegensatz zu DBF-2, die beiden Septierungsmarkerproteine BUD-3/BUD-4 phosphoryliert. Folglich könnte die Regulation von BUD-3 (und eventuell auch BUD-4) durch COT-1 ein Mechanismus des MOR Netzwerks sein, um die Septenbildung in N. crassa zu inhibieren.de
dc.language.isoengde
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/
dc.subject.ddc570de
dc.titleCharacterization of NDR kinase signalling pathways during septum formation in Neurospora crassade
dc.typedoctoralThesisde
dc.contributor.refereeSeiler, Stephan PD Dr.
dc.date.examination2013-11-21
dc.description.abstractengCytokinesis is a fundamental cellular process essential for cell proliferation of unicellular and multicellular organisms. The molecular pathways that regulate cytokinesis are highly complex and involve a large number of components that form elaborate interactive networks. The fungal septation initiation network (SIN) functions as kinase cascade that connects cell cycle progression with the initiation of cytokinesis and control septum formation. Miss-regulation of the homologous Hippo pathway in animals results in excessive proliferation and formation of tumors, underscoring the conservation and importance of these kinase networks. While septum formation is essential for proper growth and differentiation of molds, the regulation of septation and the composition of the SIN in filamentous fungi are only beginning to be unraveled. The in silico analysis of the genome of the model mold Neurospora crassa identified homologs for most SIN network components. Analysis of these predicted SIN proteins allowed the characterization of the SIN kinase cascade consisting of CDC-7, SID-1 and DBF-2 together with their regulatory subunits CDC-14 and MOB-1, respectively. It was determined that SID-1 activates DBF-2 through hydrophobic motif phosphorylation and that SID-1-stimulated DBF-2 activity is further enhanced by CDC-7, providing the first biochemical evidence for a stepwise activation of the tripartite SIN kinase cascade in fungi. The entire SIN cascade localizes in a constitutive and cell cycle independent manner to spindle pole bodies and all SIN proteins accumulated at forming septa. Thus, in contrast to unicellular fungi the SIN localization and activity regulation is cell-cycle independent in syncytial ascomycetes. Moreover, the characterization of DBF-2 variants harbouring mutations in the two regulatory sites (Ser499 and Thr671) suggest that a dynamic phosphorylation/dephosphorylation cycle of Ser499 may be critical for N. crassa DBF-2 activity and function. These data have implications for NDR kinase activity regulation in general, because the sequential phosphorylation of both regulatory sites has been so far predicted for NDR kinases of higher eukaryotes. The Ste20-related kinase MST-1 was identified as SIN-associated kinase acting in parallel to SID-1. SID-1 and MST-1 were both regulated by the upstream SIN kinase CDC-7, yet in an opposite manner, suggesting that MST-1 is required for fine-tuning the SIN. Lifeact- and formin-GFP reporter constructs revealed the formation of aberrant cortical actomyosin rings in ∆mst-1, which resulted in miss-positioned septa and irregular spirals. These defects phenocopy those of mutants defective in a NDR kinase pathway required for cell polarization called MOR, and it was determined that MST-1 also interacted with the central MOR kinases POD-6 and COT-1. MST-1 functions as promiscuous enzyme by activating the SIN and MOR effector kinases DBF-2 and COT-1. Moreover, crosstalk of the SIN and MOR pathways is also achieved by heterodimer formation between DBF-2 and COT-1. The multiple levels of cross-communication between the SIN and MOR identified in this study and other model systems such as S. pombe or D. melanogaster, suggest the possibility that the antagonistic interactions between homologous NDR kinase networks may be a general mechanism to coordinate these pathways in higher organisms. The annotation of multiple fungal genomes revealed the presence of several genes homologous to the bud site selection genes of budding yeast. Epistasis and biochemical analysis revealed that the MOR functions as negative regulator upstream of the BUD complex and COT-1, but not DBF-2 phosphorylates BUD-3/BUD-4 landmark proteins. Thus, regulation of BUD-3 (and possibly also BUD-4) by COT-1 may be one mechanism of the MOR pathway to inhibit septum formation in N. crassa.de
dc.contributor.coRefereeWodarz, Andreas Prof. Dr.
dc.subject.engcrosstalkde
dc.subject.engseptationde
dc.subject.engseptum formationde
dc.subject.engNDR kinasede
dc.subject.engDbf2de
dc.subject.engseptation initiation networkde
dc.subject.engphospho-regulationde
dc.subject.engfilamentous fungide
dc.subject.engcytokinesisde
dc.subject.engSINde
dc.subject.engmorphogenesisde
dc.subject.engMORde
dc.subject.engSte20-relatedde
dc.identifier.urnurn:nbn:de:gbv:7-11858/00-1735-0000-0001-BAF8-E-0
dc.affiliation.instituteBiologische Fakultät für Biologie und Psychologiede
dc.subject.gokfullBiologie (PPN619462639)de
dc.identifier.ppn772530092


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