Physikalische Kartierung der RT1-C/M-Region des Haupthistokompatibilitätskomplexes der Ratte

physical map of the RT1-C/M region of the major histocompatibility complex of the rat

by Sofia Ioannidu
Doctoral thesis
Date of Examination:2000-11-02
Date of issue:2001-10-09
Advisor:Prof. Dr. Hans-Joachim Fritz
Referee:Prof. Dr. Wolfgang Engel
Referee:Prof. Dr. Ebehard Günther
Persistent Address: http://dx.doi.org/10.53846/goediss-60

 

 

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Abstract

English

The rat is an important model for studying organ graft rejection and susceptibility to certain complex diseases. The MHC, the RT1 complex, plays a decisive role in controlling these traits. During this work is cloned the telomeric class I region of the RT1 complex, RT1-C/E/M, of the BN inbred rat strain in a contig of overlapping P1-derived artificial chromosome clones encompassing 2 Mb, and present a physical map of this MHC region. Forty-five class I exon 4-hybridizing BamHI fragments were detected, including the previously known rat class I genes RT1-E, RT-BM1, RT1-M2, RT1-M3, and RT1-M4. Fifteen- non-class I genes known to map to the corresponding part of the human and mouse MHC were tested and could be fine mapped in the RT1-C/E/M region at orthologous position. The data provide further molecular information on the MHC for analysing diseases susceptibility and underline the usefulness of the rat model.Abstract (deutsch)Die Ratte ist ein wichtiges experimentelles Tiermodel für Studien der Organtransplantation und Studien der Suszeptibilität gegenüber wichtige komplexe Krankheiten. Der MHC, bei der Ratte RT1-Komplex genannt, spielt eine entscheidende Rolle für die Kontrolle dieser Merkmale. Im Rahmen dieser Arbeit wurde die telomere Klasse-I-Region des RT1-Komlexes, RT1-C/E/M, kloniert aus dem BN Inzuchststamm der Ratte. Ein Contig aus überlappenden P1-Klone wurde erstellt eines Umfangs von 2Mb und dadurch eine physikalische Karte dieser Region des Ratten MHC. Es wurden fünfundvierzig Klasse-I Exon 4-hybridisierende Fragmente detektiert, darunter die schon bekannten Gene RT1-E, RT-BM1, RT1-M2, RT1-M3 und RT1-M4. Sechzehn nicht Klasse-I Gene, die aus dem humanen und dem MHC der Maus bekannt sind und in der korespondierenden Region liegen sollten wurden getestet und feinkartiert so konnte es gezeigt werden, dass diese Gene an orthologer Position in der RT1-C/E/M-Region lokalisiert sind. Aus diesen Daten, werden Informationen über das MHC erhalten, die zur Analyse der Empfindlichkeit gegenüber von Krankheiten verhelfen werden und somit die wichtigkeit der Ratte, als experimentelles Tiermodel unterstreichen.
Keywords: MHC; RT1-complex; PAC; P1-derived artificial chromosom; growth and reproduction complex; sequence-tagged site
 
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