Crystallographic and modeling studies of intermolecular interactions of biological interest

Kristallographische sowie Modeling Studien von intermolekularen Wechselwirkungen von biologischem Interesse

by Eftichia Alexopoulos
Doctoral thesis
Date of Examination:2004-04-29
Date of issue:2004-06-07
Advisor:Prof. Dr. George M. Sheldrick
Referee:Prof. Dr. George M. Sheldrick
Referee:Prof. Dr. Isabel Usón
Persistent Address: http://dx.doi.org/10.53846/goediss-2069

 

 

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Description:Dissertation

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Abstract

English

Three projects were investigated in the current thesis. In the first part, the binding of the anticancer drug 7-Aminoactinomycin-D to the non-complementary DNA 5'-TTAGBrUT-3' has been studied via X-ray crystallography. Two crystal forms, a hexagonal and an orthorhombic, were obtained. Their structure solution shows in both cases an antiparallel mismatched dsDNA complexed by the 7-AAMD by intercalation of the phenoxazone ring of the drug betwenn G-BrU or G-T steps.The second project includes the crystallization and X-ray structure solution of the alternating D,L-peptide H-(L-Tyr-D-Tyr)4-Lys-OH. The crystal structure shows a double stranded antiparallel beta-helix motif. In the third project, the binding of organic ligands within the LBD of the human estrogen receptor alpha and mutants of this receptor was investigated via molecular modeling.
Keywords: X-ray crystal structure analysis; DNA; 7-AAMD; D; L-peptide; molecular modeling; estrogen receptor

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Die vorliegende Doktorarbeit beinhaltet drei Projekte. Im ersten Teil wurden die Bindungsverhaeltnisse im Komplex des Antikrebsantibiotikums 7-Aminoactinomycin-D mit der nicht-komplementaeren DNA 5'-TTAGBrUT-3' mit roentgenstrukturanalytischen Methoden untersucht. Es wurden 2 Kristallformen erhalten, eine hexagonale und eine orthorhombische. Die Strukturloesung zeigt in beiden Faellen das Vorliegen einer antiparallelen doppelstraengigen DNA in Komplex mit 7-AAMD ueber eine Interkalation des Phenoxazonrings des Antibiotikums zwischen falsch gepaarten G-BrU oder G-T Basen.Im zweiten Projekt wird die Kristallisation und Strukturloesung des alternierenden d,l-Peptids H-(L-Tyr-D-Tyr)4-Lys-OH beschrieben. In der Kristallstruktur liegt das Peptid als doppelstraengige antiparallele beta-helix vor.Im dritten Projekt wurden theoretische Bindungsstudien durchgefuehrt bezueglich der Wechselwirkung von organischen Liganden mit der Ligandebindedomaene des humanen Estrogen Rezeptors Alpha.
Schlagwörter: Roentgenstrukturanalyse; DNA; 7-AAMD; d; l-peptid; molecular modeling; Estrongen Rezeptor; 540 Chemie
 
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