Chararcterisation of fungal protein kinases involved in the regulation of the cell cycle of Saccharomyces cerevisiae and of sexual development in Aspergillus nidulans
Charakterisierung von Proteinkinasen die an der Regulation des Zellzyklus von Saccharomyces cerevisiae und der sexuellen Entwicklung von Aspergillus nidulans beteiligt sind
by Fatih Sari
Date of Examination:2007-11-01
Date of issue:2007-11-22
Advisor:PD Dr. Stefan Irniger
Referee:Prof. Dr. Gerhard Braus
Referee:Prof. Dr. Christiane Gatz
Referee:Prof. Dr. Oliver Einsle
Files in this item
Name:sari.pdf
Size:6.73Mb
Format:PDF
Description:Dissertation
Abstract
English
In this work, fungal model organisms, the single cell budding yeast Saccharomyces cerevisiae and the filamentous fungus Aspergillus nidulans were used to characterize different factors involved cell cycle control and in the regulation of development. In yeast, the cyclin Clb5, a regulatory subunit of cyclin-dependent kinases, and Ime2, a protein kinase with an essential function in the meiotic cell cycle, were studied. In filamentous fungi, the Ime2 homolog protein kinase ImeB, which plays an important role in regulation of asexual and sexual fruiting bodies formation, was characterised. In the first part of the project, the degradation pathways of the yeast S-phase cyclin Clb5 were analyzed. Clb5 is known to be a substrate of the anaphase promoting complex (APC/C), a multi-subunit ubiquitin ligase essential for the cell cycle. Pulse labelling experiments were applied to determine the half-life of Clb5. In contrast to other cyclins, Clb5 was found to be unstable throughout the cell cycle and also in cells lacking APC/C activity. However, in the presence of an active APC/C, the half-life of Clb5 was further decreased. These data suggest that two pathways, an APC/C-dependant and an APC/C -independent mechanism, have overlapping roles in triggering Clb5 proteolysis during the cell cycle. Degradation is mediated by the 26S proteasome. The aim of the second project was a better understanding of the regulation of the yeast protein kinase Ime2. This kinase and the cyclin-dependent kinase Cdk1 have many common functions in the regulation of meiosis. Ime2 is not regulated by cyclins, but is itself a highly unstable protein. By constructing a set of deletions, it was shown that the C-terminal region is essential for Ime2 instability and probably contains multiple overlapping degradation signals. A truncated Ime2 lacking the C-terminal 242 amino acids was stable and active. Expression of this version of Ime2 during meiosis did not interfere with meiotic cell divisions, but resulted in abnormalities in spore production. Frequently, asci had a reduced spore number and were mostly dyads. Thus, Ime2 instability mediated by the C-terminal region is important for the efficient enclosure of nuclei into spore walls and for the formation of normal 4-spore asci. In the final part of this project, the homolog of Ime2 in A. nidulans, ImeB, was characterised. For this purpose an imeB deletion strain was constructed. On agar plates, the imeB mutants displayed a slow growth phenotype, but an increased formation of sexual fruiting bodies, the cleistothecia. In contrast to wild-type strains, imeB delta strains also formed typical sexual structures, Hülle cells, in liquid media. Overexpression of imeB blocks conidiophore formation when grown in the dark. imeB transcript levels increase during both the asexual and the sexual life cycle. These data indicate that ImeB acts a regulator of development in A. nidulans. In contrast to Ime2 protein in yeast, ImeB appears to be an inhibitor of the sexual life cycle. These findings imply that in evolution, these proteins have acquired opposite functions as regulators of sexual development. Ime2 and ImeB belong to the family of mitogen activated protein (MAP) kinases characterised by a TXY motif in their activation loop. A site-directed mutagenesis showed that every single amino acid this of motif is needed for accurate ImeB function.
Keywords: Saccharomyces cerevisiae; Aspergillus nidulans; Cell cycle; Cyclin; serine threonine kinase
Other Languages
In dieser Arbeit wurden einfache Modellorganismen, die Hefe Saccharomyces cerevisiae und der filamentöse Pilz Aspergillus nidulans, zur Charakterisierung von verschiedenen Faktoren genutzt, die an der Regulation des Zellzyklus und der Entwicklung beteiligt sind. In der Hefe wurde Clb5, eine regulatorische Untereinheit von Zyklin-abhängigen Kinasen, und Ime2, eine Proteinkinase mit essentiellen Funktionen im meiotischen Zellzyklus, untersucht. Im filamentösen Pilz wurde die Proteinkinase ImeB, welche eine wichtige Rolle in der Regulation der asexuellen und sexuellen Fruchtkörperbildung hat, charakterisiert. Im erstem Teil des Projektes wurde der Abbauweg des S-Phase Zyklins Clb5 aus der Hefe analysiert. Clb5 ist ein Substrat des Anaphase Promoting Complexes (APC/C), einer Ubiquitin-Ligase, die unentbehrlich für den Zellzyklus ist. Pulsmarkierungs-Experimente wurden zur Bestimmung der Halbwertszeit von Clb5 angewandt. Im Gegensatz zu anderen Zyklinen konnte für Clb5 gezeigt werden, dass es während des ganzen Zellzyklus und sogar in Abwesenheit von APC Aktivität instabil ist. Die Halbwertszeit von Clb5 wurde in Anwesenheit von APC Aktivität noch weiter vermindert. Diese Resultate deuten darauf hin, dass zwei Abbauwege, ein APC abhängiger und ein APC unabhängiger mit überlappenden Funktionen vorhanden sind, um den Clb5 Abbau während des Zellzyklus einzuleiten. Der Abbau ist vom 26 S Proteasom abhängig. Das Ziel des zweiten Pojektes war es, ein besseres Verständnis über die Regulation der Proteinkinase Ime2 aus der Hefe zu erlangen. Diese Kinase und die Zyklin-abhängige Kinase Cdk1 haben viele gemeinsame Funktion in der Regulation der Meiose. Ime2 wird nicht duch Zykline reguliert, ist aber selbst ein instabiles Protein. Durch Konstruktion einer Reihe von Deletionen wurde gezeigt, dass die C- terminale Region für die Ime2 Instabilität essentiell ist und vermutlich mehrere überlappende Abbausignale beinhaltet. Ein verkürztes Ime2, welchem am C-Terminus 242 Aminosäuren fehlen, ist stabil und aktiv. Expression dieser Ime2 Version während der Meiose verhindert nicht die meiotische Zellteilung, resultiert aber in einer abnormalen Sporenbildung. Häufig hatten Asci eine verminderte Sporenanzahl und waren meistens Dyaden. Demnach ist die Ime2 Instabilität, welche durch die C-terminale Region vermittelt wird, für die effiziente Einschliessung der Kerne in Sporenwände und für die Bil! dung von normalen 4-sporige Asci wichtig. Im letzten Teil des Projektes wurde das Ime2 Homologe in A.nidulans, ImeB, charakterisiert. Zu diesem Zweck wurde ein imeB Deletionsstamm erzeugt. Auf Agarplatten zeigten imeBdelta Mutanten ein langsames Wachstum, hatten aber eine erhöhte Bildung von sexuellen Fruchtkörpern, den Kleistothezien. Im Gegensatz zum Wildtyp bildeten imeBdelta Stämme typische sexuelle Strukturen, wie die globulären Hülle-Zellen, in Flüssigkultur. Überexpression von imeB verhindert die Bildung von Konidiophoren bei Wachstum im Dunkeln. imeB Transkripte erhöhten sich während des asexuellen und sexuellen Lebenszyklus. Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass ImeB als Regulator der Entwicklung von A.nidulans wirkt. Im Gegensatz zum Ime2 Protein der Hefe, scheint ImeB ein Inhibitor des sexuellen Lebenszyklus zu sein. Diese Resultate lassen vermuten, dass diese Proteine in der Evolution gegensätzliche Funktionen als Regulatoren der sexuellen Entwicklung erworben haben. Ime2 und ImeB gehören zu der Familie der Mitogen aktivierten Proteinkinasen (MAK), welche durch ein TXY motif in der Aktivierungsschleife charakterisiert ist. Punktmutationen in den entsprechenden Codons zeigten, dass jede einzelne Aminosäure dieses Motives für die Ime2 Funktion benötigt wird.
Schlagwörter: Saccharomyces cerevisiae; Aspergillus nidulans; Zellzyklus; Zykline; Serin-Threonin Kinase