Structural characterization of the lysosomal 66.3 kDa protein and of the DNA repair enzyme Mth0212 by means of X-ray crystallography
Strukturelle Charakterisierung des lysosomalen 66.3 kDa Proteins und des DNA-Reparaturenzyms Mth0212 mittels Röntgenkristallographie
Kristina Lakomek
Doctoral thesis
Date of Examination:
2009-04-28
Date of issue:
2009-06-17
Advisor:
Ficner, Ralf Prof. Dr.
Referee:
Ficner, Ralf Prof. Dr.
Referee:
Tittmann, Kai Prof. Dr.
Persistent Address: http://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-0006-AD5D-B
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lakomek_k.pdf
Size:
16,8 MB
Format:
PDF
Description:
Dissertation
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Abstract
English
This PhD thesis is divided into two parts both dealing with structural characterization of macromolecules by means of X-ray crystallography. Part I concerns the lysosomal 66.3 kDa protein from mouse. It describes the expanded use of available crystallographic methods for structure determination and the analysis of the structure representing the protein of so far unknown function. In contrast, in part II the archaeal DNA repair enzyme Mth0212 is investigated. The crystallographic problem of twinning is only touched and the main focus lies on the detailed structural analysis of the protein alone as well as in complex with different substrate DNAs and subsequent comparison with homologous enzymes.
Keywords: 66.3 kDa protein; lysosomal protein; glycosylation; N-terminal nucleophile hydrolase; autoproteolytic activation; sulfur SAD; DNA damage; DNA repair; ExoIII homolog; 2`-deoxyuridine; crystal structure; X-ray crystallography
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Diese Doktorarbeit gliedert sich in zwei Abschnitte, welche beide die strukturelle Charakterisierung von Makromolekülen mittels Röntgenkristallographie beinhalten. Abschnitt I befasst sich mit dem lysosomalen 66.3 kDa - Protein aus Maus, dessen zelluläre Funktion bislang nicht bekannt ist. In diesem Zusammenhang sind die erweiterte Anwendung zur Verfügung stehender kristallographischer Methoden sowie die anschließende Analyse der Struktur des 66.3 kDa - Proteins beschrieben. Im Gegensatz dazu ist im zweiten Teil das bakterielle DNA-Reparatur-Enzym Mth0212 dargestellt. Der Fokus liegt auf der detaillierten Strukturanalyse des Proteins in seiner Apo-Form sowie im Komplex mit verschiedenen DNA-Substraten und deren Vergleich mit homologen Enzymen. Auf ein kristallographisches Problem eine sog. Verzwilligung wird nur kurz eingegangen.
Schlagwörter: 66.3 kDa Protein; lysosomale Proteine; Glycosylierung; N-terminal nucleophile Hydrolasen; Autoproteolytische Aktivierung; Schwefel-SAD; DNA-Schaden; DNA-Reparatur; ExoIII-Homolog; 2`-Desoxyuridin; Kristallstruktur; Röntgenkristallographie
