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Kombinatorische Synthese einer Genbibliothek und Analyse ihrer statistischen Struktur

dc.contributor.advisorFritz, Hans-Joachim Prof. Dr.de
dc.contributor.authorKansy, Evade
dc.date.accessioned2012-04-16T14:53:23Zde
dc.date.available2013-01-30T23:50:36Zde
dc.date.issued2004-05-14de
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-0006-ADB4-7de
dc.identifier.urihttp://dx.doi.org/10.53846/goediss-374
dc.description.abstractUnter Berücksichtigung berechneter Parameter und Verwendung entsprechender Codonmischungen bei der DNA Synthese wurde ein Genrepertoire mit einer bestimmten Populationsstruktur geschaffen. Die partielle codonweise Zufallsmutagenese wurde basierend auf dem Histidin-Bindeprotein-Gens hisJ aus E. Coli nach der Trinukleotidphosphoramidit-Methode durchgeführt. Das Genrepertoire wurde aus Oligonukleotiden über eine primerless PCR und eine anschließende primed PCR assembliert.Die experimentelle Populationsstruktur wurde durch DNA-Sequenzanalyse und statistische Datenanalyse charakterisiert. Die erwarteten Werte wurden mit den experimentellen Ergebnissen verglichen und Rückschlüsse auf das Reaktionsverhalten der Trinukleotide während der chemischen Synthese gemacht.In einem Modellexperiment wurde das Rezeptorenrepertoire als Fusionsprotein mit dem Phagenprotein gpIII auf der Oberfläche von M13 Phagen präsentiert, um als Ausgangspunkt für die Selektion einer Biotin-bindenden Variante zu dienen. Um die Anzahl der Deletionen im Repertoire zu reduzieren, die vermutlich während der DNA Synthese entstanden waren, wurde das randomisierte hisJ-Gen als Fusion mit dem beta-Lactamasegen im Periplasma von E. Coli exprimiert.Auf diese Weise wurden im Ampicillin-Medium nur die Varianten selektiert, die als Fusion mit beta-Lactamase vorlagen und keine Rasterschubmutationen enthielten.de
dc.format.mimetypeapplication/pdfde
dc.language.isogerde
dc.rights.urihttp://webdoc.sub.gwdg.de/diss/copyrdiss.htmde
dc.titleKombinatorische Synthese einer Genbibliothek und Analyse ihrer statistischen Strukturde
dc.typedoctoralThesisde
dc.title.translatedCombinatorial Synthesis of a Gene Library and Analysis of its Statistical Structurede
dc.contributor.refereeSchwienhorst, Andreas PD Dr.de
dc.date.examination2003-11-04de
dc.description.abstractengConsidering calculated parameters and using appropriate mixing ratios of codons during the DNA synthesis a gene library with determined population structure was generated. The partial codonwise random mutagenesis was carried out using the trinucleotide phosphoramidite approach based on histidine-binding protein gene hisJ from E. Coli. The gene library was assembled using a primerless and a final primed PCR.The experimental population structure was described by DNA sequence and statistical data analysis. From the comparison of the expected with the experimental values, the reaction of the trinucleotide phosphoramidites during the DNA synthesis was deduced. The HisJ library was displayed in a model experiment on the surface of the M13 phage as a fusion with gpIII to select a biotin binding variant. In order to reduce deletions in the gene library, which probably resulted from the DNA synthesis, the randomized hisj gene was expressed in the periplasm of E. Coli as a fusion with the beta-lactamase gene. HisJ-beta-lactamase fusion proteins selected in this way in ampicillin medium contained no frameshift mutations.de
dc.contributor.coRefereeLaatsch, Hartmut Prof. Dr.de
dc.contributor.thirdRefereeHoyermann, Karlheinz Prof. Dr.de
dc.subject.topicMathematics and Computer Sciencede
dc.subject.gerkombinatorische DNA Synthesede
dc.subject.gerPopulationsstrukturde
dc.subject.gerHisJde
dc.subject.gerPhage Displayde
dc.subject.ger570 Biowissenschaftende
dc.subject.gerBiologiede
dc.subject.engcombinatorial DNA synthesisde
dc.subject.engpopulation structurede
dc.subject.engHisJde
dc.subject.engphage displayde
dc.subject.bk42de
dc.identifier.urnurn:nbn:de:gbv:7-webdoc-256-7de
dc.identifier.purlwebdoc-256de
dc.affiliation.instituteBiologische Fakultät inkl. Psychologiede
dc.subject.gokfullWJde
dc.identifier.ppn391742345de


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