Isolation and functional analysis of differentially expressed genes in human prostate cancer
Analysis of differentially expressed genes in human prostate cancer
Isolierung und funktionelle Analyse differentiell exprimierter Gene im humanen Prostatakarzinom
Analyse differentiell exprimierter Gene im humanen Prostatakarzinom
by Michal Grzmil
Date of Examination:2003-01-28
Date of issue:2003-02-27
Advisor:Prof. Dr. Peter Burfeind
Referee:Prof. Dr. Wolfgang Engel
Referee:PD Dr. Sigrid Hoyer-Fender
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Format:PDF
Description:Dissertation
Abstract
English
Prostate cancer is the most frequently diagnosed solid tumor in men, and the second leading cause of cancer death in males from western countries. One of the key issues in prostate cancer research is to develop molecular markers that can effectively detect and distinguish the progression and malignancy of prostate tumors as well as provide insights into prostate tumor development or behaviour. As the insulin-like growth factor I receptor (IGF-IR) was reported to play an important role in cellular homeostasis of prostate carcinoma, the antisense RNA strategy was employed to reduce endogenous IGF-IR gene expression in human prostate carcinoma PC-3 cells resulting in a significant suppression of PC-3 cell invasion and proliferation and in an increase in PC-3 cell apoptosis. Furthermore, it was demonstrated that a direct correlation exists between the inhibition of IGF-IR gene expression and an up-regulation of IGFBP-3 or a down-regulation of MMP-2 expression in androgen-independent PC-3 cells. In addition, both IGF-IR and IGFBP-3 expression were investigated by quantitative real time RT-PCR analyses on RNA from LCM-derived matched normal prostate and prostate tumor epithelial tissue samples of 12 patients demonstrating that the IGF-IR is up-regulated in most prostate cancers (9 out of 12) and that IGFBP-3 is down-regulated in all prostate carcinomas. Furthermore, by using the cancer profiling array the up-regulation of IGFBP-3 gene expression was determined in the following cancers: kidney cancer, lung cancer, rectum cancer, colon cancer, stomach cancer and thyroid cancer, whereas down-regulation was determined in breast cancer, cancer of the uterus and ovarian cancer. These results indicate an important role for the IGF-IR and the IGFBP-3 in cellular homeostasis of prostate carcinoma and provide a further basis for targeting IGF-IR as a potential treatment for prostate cancer as well as a better understanding of the IGF-IR-activated signaling pathways. Next, in order to analyze differential gene expression of putative prostate tumor markers the expression levels of more than 400 cancer-related genes were compared using the cDNA array technique in a set of prostate tumor and matched normal prostate tissue. In total, 46 differentially expressed genes were identified to be up- or down-regulated in prostate carcinoma. From these differentially expressed genes, seven genes (Bax inhibitor-1 ,complement component C1s, ferritin heavy chain, MAT8 protein, peptidyl-proryl cis-trans isomerase A, RNA-binding protein regulatory subunit DJ-1 protein and vacuolar ATP synthase subunit F) displaying an up-regulated expression in human prostate carcinoma were further confirmed to be overexpressed in prostate cancer by using real time RT-PCR analysis on whole tumor RNA. The overexpression of Bax inhibitor-1 (BI-1) in prostate carcinoma was confirmed by using both Northern blot analysis on whole tumor RNA and real time RT-PCR on RNA from thirteen laser captured microdissected prostate tumor tissue samples. In addition, by using the cancer profiling array the up-regulated expression of the BI-1 gene was determined in the following cancers: ovarian cancer, cancer of the uterus, prostate cancer and breast cancer, whereas down-regulated expression was determined in kidney cancer, lung cancer, colon cancer, stomach cancer and rectum cancer. Furthermore, to determine the function of BI-1 in vitro, human androgen-independent PC-3 and androgen-dependent LNCaP prostate carcinoma cells were transfected with small interfering double-stranded RNA (siRNA) oligonucleotides against the BI-1 gene leading to a specific down-regulation of BI-1 expression. Moreover, transfection of PC-3 and LNCaP cells with BI-1 sequence-specific siRNAs caused a significant increase both in cellular apoptosis and necrosis. Taken together, the present results indicate that the human BI-1 gene contains the potential to serve as a prostate cancer expression marker and as a novel target for developing therapeutic strategies for prostate cancer.
Keywords: prostate; cancer; invasion; proliferation; apoptosis; IGF-IR; MMP-2; IGFBP-3; BI-1; PC-3; LNCaP;siRNA; LCM
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Prostatakrebs ist der am häufigsten prognostizierte solide Tumor und die zweithäufigste Ursache für Krebstod bei Männern in den westlichen Ländern. Eine der Schlüsselaufgaben der Prostatakrebsforschung ist es, molekulare Marker zu entwickeln, die effektiv Progression und Malignität von Prostatatumoren detektieren und unterscheiden, sowie Einsichten in die Entwicklung und das Verhalten von Prostatatumoren ermöglichen können. Aus der Literatur ist bekannt, dass der Insulin-like growth factor I receptor (IGF-IR) eine wichtige Rolle in der zellulären Homöostase von Prostatakarzinomen spielt. Daher wurde die antisense-RNA-Strategie genutzt, um die endogene IGF-IR Genexpression in menschlichen Prostatakarzinom PC-3 Zellen zu reduzieren, was in einer signifikanten Suppression der Zellinvasion und Proliferation sowie in einer Erhöhung der Zellapoptose von PC-3 Zellen resultierte. Weiterhin wurde gezeigt, dass eine direkte Korrelation zwischen der Inhibierung der IGF-IR Genexpression und der Hochregulierung von IGFBP-3 oder der Herunterregulierung der Expression von MMP-2 in androgen-unabhängigen PC-3 Zellen existiert. Zusätzlich wurden die Expressionen sowohl von IGF-IR als auch von IGFBP-3 mittels quantitativer real time RT-PCR an RNA aus lasermikrodissektierten zusammengehörigen normalen und Tumor-Prostataepithelgeweben von 12 Patienten analysiert. Diese Untersuchungen zeigten, dass IGF-IR in den meisten Prostatakarzinomen (9 von 12) hochreguliert und dass IGFBP-3 in allen der Prostatakarzinome herunterreguliert ist. Weiterhin wurde die Hochregulierung der Genexpression von IGFBP-3 mittels eines cancer profiling arrays in folgenden Karzinomen bestimmt: Nieren-, Lungen-, Mastdarm-, Dickdarm-, Magen und Schilddrüsenkrebs. Im Gegensatz dazu wurde eine Herunterregulierung in Brust-, Uterus- und Ovarialkrebs festgestellt. Diese Ergebnisse deuten auf eine wichtige Rolle von IGF-IR und IGFBP-3 in der zellulären Homöstase von Prostatakarzinomen hin und liefern eine weitere Grundlage, den IGF-IR als Zielmolekül für eine potentielle Behandlung von Prostatakrebs einzusetzen, sowie die IGF-IR-aktivierten Signalwege besser zu verstehen. Als nächstes wurden die Expressionslevel von über 400 krebs-verwandten Genen in einer Reihe von Prostatatumoren und zugehörigen normalen Prostatageweben mittels cDNA-Array-Technik verglichen, um die differentielle Genexpression von putativen Markern für Prostatatumoren zu analysieren. Insgesamt wurden 46 differentiell exprimierte Gene identifiziert, die entweder hoch- oder herunterreguliert im Prostatakarzinom sind. Von diesen differentiell exprimierten Genen wurde von 7 Genen (Bax-Inhibitor-1, Komplementkomponente C1s, Ferritin heavy chain, MAT8 Protein, Peptidyl-Prolyl cis-trans Isomerase A, RNA-binding protein regulatory subunit DJ-1 protein und V-ATP Synthase Untereinheit F), die eine hochregulierte Expression in menschlichen Prostatakarzinomen zeigten, die Überexpression in Prostatakrebs mittels real time RT-PCR an Gesamttumor-RNA bestätigt. Die Überexpression von Bax-Inhibitor-1 (BI-1) in Prostatakarzinomen wurde mittels Northern Blot-Analysen an Gesamttumor-RNA und mittels real time RT-PCR an RNA von 13 lasermikrodissektierten Tumorgewebeproben der Prostata bestätigt. Zusätzlich wurde die hochregulierte Expression vom BI-1 Gen in folgenden Karzinomen bestimmt: Ovarial-, Uterus-, Prostata- und Brustkrebs, hingegen wurde eine herunterregulierte Expression in Nieren-, Lungen-, Dickdarm-, Magen- und Mastdarmkrebs festgestellt. Um weiterhin die Funktion von BI-1 in vitro zu untersuchen, wurden menschliche androgen-unabhängige PC-3 und androgen-abhängige LNCaP Prostatakarzinomzellen mit small interfering RNA (siRNA) Oligonukleotiden gegen das BI-1 Gen transfiziert, was zu einer spezifischen Herunterregulierung der BI-1-Expression führte. Ferner verursachte die Transfektion von PC-3 und LNCaP-Zellen mit BI-1-sequenzspezifischen siRNAs eine signifikante Erhöhung von zellulärer Apoptose sowie Nekrose. Zusammengefasst deuten die derzeitigen Ergebnisse darauf hin, dass das menschliche BI-1 Gen das Potential besitzt, als Expressionsmarker von Prostatakrebs zu fungieren und ein neues Ziel für die Entwicklung von therapeutischen Strategien gegen Prostatakrebs darstellt.
Schlagwörter: Prostatakrebs; Zellinvasion; Proliferation; Zellapoptose