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Genomweite Transkriptionsanalyse von Methanosarcina mazei Gö1

dc.contributor.advisorDeppenmeier, Uwe PD Dr.de
dc.contributor.authorHovey, Raymond Leonardde
dc.date.accessioned2012-04-16T14:56:01Zde
dc.date.available2013-01-30T23:50:39Zde
dc.date.issued2003-11-04de
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-0006-AE6D-0de
dc.identifier.urihttp://dx.doi.org/10.53846/goediss-567
dc.description.abstractEs wurden Computerprogramme im Rahmen dieser Arbeit programmiert, die es ermöglichten DNA-Microarray-Chips zu generieren, die das gesamte Transkriptom von Methanosarcina mazei Gö1 repräsentieren.Ferner wurde eine TOPO-Plasmidbank des Transkriptoms von Ms. mazei Gö1 erstellt, die es ermöglichte neue hoch spezifische PCR-Produkte zu generieren, und damit in Zukunft die Nachproduktion von DNA-Microarray-Chips gewährleistet. Die Methode die auf der Generierung der PCR-Produkte aus einer Genom-sequenzierdatenbank beruhte, war ein neues kostengünstigeres Verfahren zur Produktion von Genom umfassenden DNA-Microarray-Chips, die eine neue Verknüpfung zwischen den Forschungsbereichen der Genom- und der Transkriptionsanalyse bildete. Hierfür wurden die im Rahmen dieser Arbeit neue erstellten Konzepte in Form von Algorithmen in selbst erstellte Computersoftware implementiert, die es ermöglichten, die Genbank des Sequenzierprojektes zu nutzen.Die im Rahmen dieser Arbeit erstellten DNA-Microarray-Chips, die das gesamte Transkriptom von Ms. mazei Gö1 repräsentieren, zeigten einen sehr hohen Grad an Genauigkeit in der Analyse des relativen Expressionsverhaltens des Transkriptoms unter Wachstum mit verschiedenen Kohlenstoffquellen als Substrat. Die Ergebnisse der genomweiten Transkriptionsanalyse ermöglichten es, den gesamten Stoffwechselweg der Methanogenese mit Acetat oder Methanol als Substrat zu rekonstruieren. Diese Chips ermöglichten es, einen tieferen Einblick in das Expressionsverhalten der Gene des zentralen Metabolismus der Methanogenese zu erlangen, neue Verknüpfungen von Stoffwechselwegen zu entdecken und Hypothesen über die Funktionen von Enzymen der Methanogenese wissenschaftlich zu belegen.de
dc.format.mimetypeapplication/pdfde
dc.language.isogerde
dc.rights.urihttp://webdoc.sub.gwdg.de/diss/copyrdiss.htmde
dc.titleGenomweite Transkriptionsanalyse von Methanosarcina mazei Gö1de
dc.typedoctoralThesisde
dc.title.translatedGenomewide transcriptional Analysis of Methanosarcina mazei Gö1de
dc.contributor.refereeDeppenmeier, Uwe PD Dr.de
dc.date.examination2003-11-06de
dc.subject.dnb570 Biowissenschaften, Biologiede
dc.description.abstractengComputer programs have been developed in the course of this project that made it possible to generate DNA-Microarray-Chips that represent the whole genome of Methanosarcina mazei Gö1.Furthermore a TOPO-plasmidbank of the whole transcriptome of Ms. mazei Gö1 was generated to reproduce high specifity PCR-products for new chip generations. The Method of generating the microarray chips on the basis of a genome-sequencing-genedata-bank was a new inexpensive approach for producing genome representing DNA-microarray-chips. This approach was new linkage of the sciences of genome- and transcriptome-analysis. To achieve this, new concepts in the form of implementing algorithms in newly self-developed computer software were established, to use the data of the sequencing project.The produced DNA-microarray-chips that represent the whole genome of Ms. mazei Gö1, showed a very high degree of accuracy in the analysis of the transcriptome under growth on different carbon sources as a substrate. The results of the genomewide transcriptional analyses enabled one to reconstruct the whole metabolism of methanogenesis with methanol or acetat as substrate. These chips made it further possible, to gain a deeper insight into the expression behaviour of the genes of the central metabolism of methanogenesis, to discover new links in metabolic pathways and to scientifically prove hypotheses of functions of enzymes in methanogenesis.de
dc.contributor.coRefereeGottschalk, Gerhard Prof. Dr.de
dc.contributor.thirdRefereeMösch, Hans-Ulrich PD Dr.de
dc.subject.topicMathematics and Computer Sciencede
dc.subject.germicroarrayde
dc.subject.gergenomweite expressionsanalysede
dc.subject.gerfunktionelle genomanalysede
dc.subject.germethanogenesede
dc.subject.engmicroarrayde
dc.subject.enggenomewide expression profilingde
dc.subject.engfunctional genomicsde
dc.subject.engmethanogenesisde
dc.subject.bk42.13 42.20de
dc.identifier.urnurn:nbn:de:gbv:7-webdoc-450-4de
dc.identifier.purlwebdoc-450de
dc.affiliation.instituteBiologische Fakultät inkl. Psychologiede
dc.subject.gokfullWUK 000: Genetik der Mikroorganismen, Molekularbiologie der Mikrorganismen {Mikrobiologie}de
dc.identifier.ppn502649143de


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