Untersuchungen zur Biosynthese und Aktivität ausgewählter Plecomakrolide sowie chemisches Screening von Actinomyceten
Studies on the Biosynthesis and Activity of Selected Plecomacrolides and Chemical Screening of Actinomycetes
by Tim Schuhmann
Date of Examination:2005-01-25
Date of issue:2005-06-10
Advisor:PD Dr. Stephanie Grond
Referee:Prof. Dr. Axel Zeeck
Referee:Prof. Dr. Hartmut Laatsch
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Format:PDF
Description:Dissertation
Abstract
English
This Ph.D. thesis deals with the isolation and structure elucidation of microbial secondary metabolites and comprises studies of their biosynthesis and biological activity.The first part focuses on investigations towards the biogenesis of the V-ATPase inhibitors bafilomycin A1 and B1. By feeding of [13C]-labelled precursors to the producing strain Streptomyces griseus 3822-14F followed by NMR-spectroscopic analysis of the metabolites the biosynthetic origin of all carbon atoms in the bafilomycin skeleton could be proven. Of special interest was a methoxylated C2-unit, which is also present in the antibiotic concanamycin A. The concanamycin biosynthesis gene cluster is currently being sequenced within a BMBF project. Preliminary data were evaluated and a hypothetical biosynthetic pathway for the unusual C2-units based on the results of feeding experiments could be proposed.To reveal the inhibitory mode of action of bafilomycin A1, a photoaffinity labelled derivative was synthesized. In addition, two bromine atoms were introduced into the molecule. This allows detection via mass spectrometry after cross linking with the active center of the enzyme has occured.The core of another part is the chemical screening of 17 actinomycetes strains, which were isolated from soil samples. Five of them showed a promising secondary metabolite pattern and were the basis for further investigations. These led to the characterization of 16 natural products, from which six showed novel structures. Among them was the bicyclic spiroketal okaspirodiol. In cooperation with Prof. Dr. J. Piel (University of Bonn) Streptomyces sp. strain JP90, which has been isolated from the marine tunicate Aplidium lenticulum, was additionally investigated. From this endosymbiont, seven secondary metabolites could be isolated, from which two were not known to literature so far, including a phosphorus containing compound.
Keywords: Natural Products; Novel Secondary Metabolites; Streptomycetes; Bafilomycin; Concanamycin; Macrolides; V-ATPase Inhibitor; Diazirinyl Group; NMR; Methoxymalonyl Unit; Biosynthesis Gene Cluster of Concanamycin; Isolation; Structure Elucidation; Photoaffinity Labelling
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Diese Dissertation beschäftigt sich mit der Isolierung und Strukturaufklärung mikrobieller Sekundärstoffe sowie mit Untersuchungen zu deren Biosynthese und biologischer Aktivität.Im ersten Teil stehen Studien zur Biogenese der V-ATPase-Hemmstoffe Bafilomycin A1 und B1 im Mittelpunkt. Anhand der Zufütterung [13C]-markierter Vorläufermoleküle zum Produzentenstamm Streptomyces griseus 3822-14F und anschließender NMR-spektroskopischer Analyse des Einbaumusters der Metabolite konnte der biosynthetische Ursprung aller in den Bafilomycinen enthaltenen Kohlenstoffatome bewiesen werden. Das besondere Interesse galt der methoxylierten C2-Einheit, welche u. a. auch im Antibiotikum Concanamycin A enthalten ist. Erste im Rahmen eines BMBF-Projektes erhaltene Sequenzdaten zum Concanamycin-Biosynthesegencluster wurden ausgewertet. Die Ergebnisse führten unter Einbeziehung der aus Fütterungsexperimenten erhaltenen Resultate zur Aufstellung eines hypothetischen Biosyntheseweges für die ungewöhnlichen C2-Einheiten .Zur Untersuchung des V-ATPase-inhibitorischen Wirkmechanismus von Bafilomycin A1 wurde ein photoaffinitätsmarkiertes Derivat dargestellt. Es gelang außerdem, zwei Bromatome in das Molekül einzuführen, um die massenspektrometrische Detektierbarkeit nach Vernetzung mit der Enzym-Bindetasche zu gewährleisten.Im Mittelpunkt eines weiteren Teils der Dissertation steht das chemische Screening von 17 Actinomyceten-Stämmen, welche aus Erdproben isoliert wurden. Von diesen erwiesen sich fünf als auffällig und bildeten die Basis für die Bearbeitung. Es konnten insgesamt 16 Sekundärstoffe charakterisiert werden, von denen sechs neu waren. Darunter befand sich die bicyclische Verbindung Okaspirodiol. In Zusammenarbeit mit Prof. Dr. J. Piel (Universität Bonn) wurde zusätzlich der aus dem marinen Manteltierchen Aplidium lenticulum isolierte Streptomyceten-Stamm JP90 untersucht. Aus diesem Endosymbionten konnten sieben Sekundärmetaboliten isoliert werden, von denen zwei neu waren, darunter eine Phosphor-haltige Verbindung.
Schlagwörter: Naturstoffe; Neue Sekundärmetabolite; Streptomyceten; Bafilomycin; Concanamycin; Makrolide; V-ATPase-Hemmstoffe; Diazirinylgruppe; NMR; Methoxymalonyl-Einheit; Concanamycin-Biosynthesegencluster; Isolierung; Strukturaufklärung; Photoaffinitätsmarkierung