An integrated approach to the study of biosignatures in mineralizing biofilms and microbial mats
Ein umfassender Ansatz zur Untersuchung von Lebensspuren in mineralisierenden Biofilmen und mikrobiellen Matten
by Christine Nora Heim
Date of Examination:2010-07-09
Date of issue:2011-02-02
Advisor:Prof. Dr. Volker Thiel
Referee:Prof. Dr. Volker Thiel
Referee:Prof. Dr. Joachim Reitner
Persistent Address:
http://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-0006-B2F2-7
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Size:5.49Mb
Format:PDF
Description:Kumulative Dissertation
Abstract
English
In this thesis project, biomarkers, biomineralization processes and TREE (trace and rare earth elements) patterns in mineralizing microbial mats were established and tested as biosignatures in recent and fossil environments. To overcome limitations of conventional biomarker analysis, a comprehensive analytical approach was developed that accomplished the detection and the laterally resolved visualization of biomarkers on the same sample, and with minimal sample disruption. In a pilot experiment, the application of ToF-SIMS (time-of-flight secondary ion mass spectrometry) enabled the simultaneous analysis of major archaeal biomarker classes in calcifying microbial mats from the Black Sea. ToF-SIMS has a strong potential for molecule detection, identification and visualization at the microscopic range. However, because the method is still in its infancy with respect to the analysis of organic biomarkers, further evaluations of capabilities and limitations are required. To furt! her expand the range of biomarker reference standards, ToF-SIMS spectra of selected glycerolipids were obtained, and the formation of molecular ions and specific fragments was studied in detail. Based on the reference data, it was possible to identify lipids (diglycerides and phosphatidylglycerol) in microscopic sections of mineralizing microbial mats from Black Sea methane seeps, and from Gallionella ferruginea-dominated iron-oxidizing microbial mats from the Äspö Hard Rock Laboratory (HRL). G. ferruginea mats were also investigated to study biomineralization processes and corresponding TREE fractionations as potential biosignatures for microbially induced formation of iron oxyhydroxides. For that purpose, a long-term flow reactor experiment was established in the Äspö HRL. Biomineralization processes and concomitant TREE accumulation within theses microbial mats revealed different forms of biomineral formation during growth and aging of G. ferruginea and massive, up t! o 106 fold accumulations of individual metals. In a third experiment, a comprehensive analytical approach to biosignatures within fracture minerals in the ~1.8 Ga old Äspö Diorite enabled the reconstruction and integrated understanding of ancient environmental processes that occurred within the deep continental biosphere. ToF-SIMS, CRM (Confocal Raman Microscopy), LA-ICP-MS (laser ablation-inductively coupled mass spectrometry) and respectively electron microprobe and isotope sampling analyses were performed on two, 5 mm thick opposing rock sections, i.e. on a minute amount of fracture minerals, which enabled to retrace four different fracture mineral generations. One of them, an organic-rich amorphous layer, exhibited numerous functionalized organic molecules and accumulations and fractionations of distinct TREE and was interpreted as a fossilized biofilm. Biofilm formation was most probably induced by glacially induced fracture reactivation and water injections down to 450 m depth. Further fracture mineral formation ! terminated and entrapped the microbial activity that once occurred at depth. The integrated approach used in this study led to the successful establishment of source specific biosignatures, and offers a strong tool kit for the study of mineralizing microbial mats and their interaction with the environment. The techniques employed in this study may further help to link biosignatures in recent systems to their fossil analogues and ultimately, to early complex forms of life. It can be foreseen that high resolution techniques such as ToF-SIMS and CRM will grow in importance not only in geobiology, but in all fields of natural sciences, wherever the detection and precise localization of organic compounds in environmental materials is required.
Keywords: biosignatures; biomarker; biomineralization processes; biofilms; microbial mats; REE; Äspö HRL; Deep Biosphere
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In der vorliegenden Doktorarbeit wurden Biomarker, Biomineralisationsprozesse und Seltene Erd- und Spurenelement-Verteilungsmuster (TREE) ermittelt und als Biosignatur an rezenten und fossilen Milieus getestet. Um Einschränkungen bezüglich konventioneller Biomarker-Analyse-Verfahren zu überwinden, wurde ein umfassender analytischer Ansatz vorgenommen, um die Detektion und die lateral aufgelöste Visualisierung von Biomarkern an der selben Probe durchführen zu können, ohne die Probe dabei zu zerstören. In einer Pilotstudie ermöglichte ToF-SIMS (Flugzeit-Sekundärionen-Massenspektrometrie) die simultane Analyse von charakteristischen Archaeen- Biomarkern in kalzifizierenden mikrobiellen Matten aus dem Schwarzen Meer. ToF-SIMS hat ein sehr gutes Potential zur Molekül- Detektion, Identifikation und Visualisierung in mikroskopischer Auflösung. Da aber diese Methode noch am Anfang im Bezug auf organische Biomarker steht, sind weitere Untersuchungen der Nutzungsmöglichkeiten und Grenzen erforderlich. Um den Bereich der Biomarker-Referenz-Standards zu erweitern, wurden ToF-SIMS Spektren von ausgewählten Glycerolipiden gemessen, um die Bildung von Molekular-Ionen und charakteristischen Fragmenten im Detail zu untersuchen. Basierend auf den Referenzdaten war es möglich Lipide (Diglyceride und Phosphatidylglycerol) in mikroskopischen Schnitten von mikrobiellen Matten von Methankarbonaten aus dem Schwarzen Meer, sowie von Gallionella ferruginea dominierten Eisen-Oxidierenden mi! krobiellen Matten aus dem Äspö Hard Rock Laboratory (HRL) zu identifizieren. G. ferruginea Matten wurden auch untersucht im Bezug auf Biomineralisationsprozesse und daraus resultierende TREE Fraktionierungsmuster als potentielle Biosignaturen für die mikrobiell induzierte Bildung von Eisenhydroxiden. Für diesen Zweck wurden Durchfluss-Reaktoren in einem Langzeit-Experiment im Äspö HRL installiert. Biomineralisationsprozesse und begleitende TREE Akkumulationen während des Wachstums und des Alterns der mikrobiellen Matten zeigten unterschiedliche Bildungen von Biomineralen und eine massive bis zu 106 fache Anreicherung einzelner Metalle. In einem dritten Experiment wurde ein umfassender analytischer Ansatz zur Detektion von Biosignaturen in ~1,8 Ga alten Äspö Dioriten ermöglichte die Rekonstruktion und die ganzheitliche Einsicht in sehr alte Umweltprozesse, die in der kontinentalen Tiefen Biosphäre stattfanden. ToF-SIMS, CRM (Confocal Raman Microscopy), LA-ICP-MS (Laser Ablation-Induktive gekoppelte Plasma-Massenspektrometrie), sowie Mikrosonden und Isotopen-Messungen wurden an zwei 5 mm dicken gegenüberliegenden Gesteins-Schnitten, d.h. an einer sehr kleinen Probenmenge, durchgeführt, wodurch vier verschiedene Kluftmineral-Generationen identifiziert werden konnten. Eine dieser Kluftfüllungen, eine Organik-reiche amorphe Lage beinhaltete zahlreiche funktionalisierte organische Moleküle und die Anreicherung und Fraktionierung von bestimmten TREE und wurde daher als fossilisierter Biofilm interpretiert. Die Biofilmbildung wurde höchstwahrscheinlich durch die glazial bedingte Kluftreaktivierung und dur! ch das Eindringen von Schmelzwässern bis in 450 m Tiefe induziert. Durch weitere Kluftmineralbildungen wurde die mikrobielle Aktivität beendet und der Biofilm in der Tiefe eingeschlossen. Der umfassende Ansatz der in dieser Arbeit verwendet wurde, führte zu einer erfolgreichen Aufstellung von spezifischen Biosignaturen und Werkzeugen für die Untersuchung von mineralisierenden mikrobiellen Matten und deren Interaktion mit der Umwelt. Die in dieser Arbeit angewandten Techniken können für die weitere Zuordnung von Biosignaturen in rezenten Systemen zu ihren fossilen Gegenstücken hilfreich sein, und so auch zu frühen komplexen Formen des Lebens. Vermutlich werden hochauflösende Techniken wie ToF-SIMS und CRM an Bedeutung zunehmen, nicht nur in der Geobiologie, sondern auch in allen Bereichen der Naturwissenschaften, wo auch immer die Detektion und präzise Lokalisierung von organischen Verbindungen in Umweltproben erforderlich ist.
Schlagwörter: Biosignaturen; Biomarker; Biomineralisation; Biofilm; mikrobielle Matten; Seltene Erden; Äspö HRL; Tiefe Biosphäre