Acyl-acyl carrier protein synthetases from bluegreen algae and plants
Acyl-Acyl Carrier Protein Synthetasen aus Blaualgen und Pflanzen
by Danuta Kaczmarzyk
Date of Examination:2008-04-29
Date of issue:2008-12-02
Advisor:Prof. Dr. Ivo Feußner
Referee:Prof. Dr. Ivo Feußner
Referee:Prof. Dr. Dieter Heineke
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Format:PDF
Description:Dissertation
Abstract
English
All metabolic processes involving fatty acids are preceded by the activation of the fatty acid to form a thioester derivative. Activation by acyl-CoA synthetase is well established whereas only little information is available about the alternative way utilizing acyl carrier protein (ACP) as acceptor of the acyl group. The focus of this work was to investigate acyl-ACP synthetase (AAS) activity in cyanobacteria and plants, two groups of photosynthetic organisms.In a previous study of our group cyanobacterial AAS was identified and functionally characterized by heterologous expression in Escherichia coli. However, the biological role of this activity within the cell was not determined. Two homologous sequences, AAE15 and AAE16 were found in Arabidopsis. Both of them were investigated by Koo et al. (2005) with respect to their role in the elongation of exogenous fatty acids in chloroplasts, but only for AAE15 the AAS activity was proposed.To elucidate the biological role of AAS activity in cyanobacteria, aas knockout mutants were generated in the background of Synechocystis sp. PCC 6803 and Synechococcus elongatus PCC 7942. The obtained mutants showed two phenotypes: They were unable to utilize exogenous fatty acids and they secreted endogenous fatty acids into the culture medium. The wild type phenotype was restored by complementation of the aas knockout mutant of Synechocystis sp. PCC 6803 with the corresponding gene from Synechococcus elongatus PCC 7942. The analysis of extracellular and intracellular fatty acid profiles of wild type strains and aas mutant strains showed that fatty acids are released from membrane lipids indicating a strong turnover of these lipids. The AAS activity seemed to be necessary for the reactivation of the released fatty acid thereby enabling their recycling back into the lipid metabolism.The genome of Arabidopsis encodes two sequences with strong amino acid similarity to the AAS of cyanobacterial origin. For these two proteins termed AAE15 and AAE16 the localization in plastids was confirmed by expression of EYFP fusion proteins in onion cells followed by fluorescent microscopy. To further characterize these proteins, AAE15 and AAE16 were overexpressed in insect cells and analyzed by in-vitro assays. It was shown that AAE15 displays AAS activity with substrate specificity towards medium chain fatty acids. In addition the aas knockout mutant of Synechocystis sp. PCC 6803 was complemented individually with AAE15 and AAE16, and the obtained strains were fed with labeled fatty acids. It was demonstrated that complementation with AAE15 restored the wild type phenotype, and the specificity for medium chain fatty acids of the enzyme was confirmed. In addition the complementation experiment gave evidence for AAS activity of AAE16 and indicated its broad substrate specificity. In further studies the expression of AAE15 and AAE16 were analyzed with respect to tissue specificity and to dependence on developmental stage. The histochemical GUS staining indicated highly specific expression profiles for AAE15 and AAE16 in flower organs and additionally for AAE16 in guard cells of different organs. The results revealed some strong discrepancies to microarray-based data provided by Genevestigator.
Keywords: fatty acid; lipid; acyl carrier protein; cyanobacteria
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Allen metabolischen Prozessen von Fettsäuren, geht
deren Aktivierung zu einem Thioesterderivat voraus.
Während die Aktivierung durch Acyl-CoA-Synthetasen in
der Literatur gut etabliert ist, ist für die
alternative Aktivierung mittels Acyl-Carrier-Protein
bislang wenig Information verfügbar. Die Aufgabe dieser
Arbeit war daher die Untersuchung von
Acyl-ACP-Synthetase-Aktivitäten (AAS) in Cyanobakterien
und höheren Pflanzen als Vertretern von
photosynthetischen Organismen.In einer früheren Studie unserer Arbeitsgruppe
konnten Acyl-ACP-Synthetasen aus Cyanobakterien
identifiziert werden und ihre Aktivität nach
heterologer Expression in Escherichia coli
funktional charakterisiert werden. Die biologische
Funktion dieser Aktivitäten konnte jedoch nicht
ermittelt werden. In Arabidopsis wurden mit AAE15 und
AAE16 zwei homologe Sequenzen gefunden. Beide Proteine
wurden zuvor bereits bezüglich ihrer Rolle für die
Elongation von exogenen Fettsäuren in Chloroplasten
untersucht (Koo et al. 2005), jedoch legten die
gewonnenen Daten lediglich für AAE15 eine AAS-Aktivität
nahe.Um die biologische Funktion der AAS-Aktivität in
Cyanobakterien zu untersuchen, wurden
aas-Deletionsmutanten in den Stämmen
Synechocystis sp. PCC 6803 und Synechococcus
elongatus PCC 7942 hergestellt. Die erzeugten
Mutanten zeigten zwei Phänotypen: Die Stämme waren
unfähig exogene Fettsäuren aus dem Medium zu verwerten
und sie sekretierten endogene Fettsäuren in das
Kulturmedium. Durch Komplementation der
aas-Mutante des Stammes Synechocystis sp.
PCC 6803 mit dem aas Gen aus Synechococcus
elongatus PCC 7942 konnte der Wildtyp-Status
widerhergestellt werden. Die Analyse der
extrazellulären und der intrazellulären
Fettsäureprofile von Wildtyp und den
aas-Mutanten Stämmen ergab, dass die gefundenen
Fettsäuren aus Membranlipiden freigesetzt werden. Die
gefundenen Daten deuten auf einen hohen Turnover dieser
Lipide hin. Die AAS-Aktivität scheint für die
Reaktivierung der freigesetzten Fettsäuren erforderlich
zu sein mit dem Ziel diese Fettsäuren dem
Lipidmetabolismus erneut verfügbar zu machen.Das Genom von Arabidopsis kodiert für zwei Sequenzen
mit deutlicher Ähnlichkeit zu den AAS-Proteinen aus
Cyanobakterien. Für diese beiden mit AAE15 und AAE16
benannten Proteine wurde mittels Expression von
EYFP-Fusionsproteinen in Zwiebelzellen die Lokalisation
in Plastiden nachgewiesen. Für eine weitergehende
Charakterisierung wurden beide Proteine in
Insektenzellen exprimiert und ihre Aktivität mittels
in-vitro Enzymtests untersucht. Für AAE15 konnte
AAS-Aktivität mit mittelkettigen Fettsäuren
nachgewiesen werden. Zusätzlich wurde die
aas-Mutante aus Synechocystis sp. PCC
6803 mit AAE15 und AAE16 komplementiert
und die entstandenen Stämme anschließend für
Fütterungsstudien mit Fettsäuren herangezogen. Es
konnte gezeigt werden, dass die Komplementation mit
AAE15 den Wildtyp-Phänotyp wieder herstellte.
Zusätzlich wurde die Spezifität von AAE15 für
mittelkettige Fettsäuren bestätigt. Die Komplementation
mit AAE16 verlief ebenfalls erfolgreich und
deutet eine breite Substratspezifität für dieses
Protein an. In weiteren Studien wurde die Expression
von AAE15 und AAE16 in Abhängigkeit von
Gewebetypen und von Entwicklungsstadien untersucht. Die
histochemischen GUS-Färbungen zeigten für AAE15
und AAE16 hochspezifische Expressionsprofile in
verschiedenen Organen der Blüte und zusätzlich für
AAE16 die Expression in Schließzellen. Diese
Ergebnisse zeigen deutliche Diskrepanzen zu den
Mikroarray-basierten Daten, die durch Genevestigator
verfügbar sind.
Schlagwörter: Fettsäure; Lipid; Acyl Carrier Protein; Cyanobakterien