Vergleichende Untersuchungen zur Regulation der SNARE-Komplexbildung durch Sec1/Munc18-Proteine
Comparative investigations on the regulation of SNARE complex assembly by Sec1/Munc18-like proteins
by Pawel Burkhardt
Date of Examination:2009-03-25
Date of issue:2009-07-01
Advisor:Prof. Dr. Dirk Fasshauer
Referee:Prof. Dr. Dirk Fasshauer
Referee:Prof. Dr. Ralf Ficner
Referee:Prof. Dr. Michael Thumm
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Description:Dissertation
Abstract
English
Membrane fusion events between various intracellular compartments in eukaryotic cells are mediated by two conserved protein families: SNARE- and Sec1/Munc18 (SM)-proteins. The SNARE proteins syntaxin1, SNAP-25, and synaptobrevin2 play a central role during fusion of synaptic vesicles with the plasma membrane. Syntaxin1 and SNAP-25 are located in the plasma membrane, whereas synaptobrevin2 resides on synaptic vesicles. Their assembly into a membrane-bridging ternary SNARE complex is believed to drive fusion. SM-proteins interact with SNARE-proteins but the molecular basis for this interaction is not entirely understood. Munc18a binds the cytosolic domain of syntaxin1a in a so called closed conformation. A binding mode distinct from that of Munc18a/syntaxin1a appears to govern the interaction of several other SM-proteins (i.e. Munc18c, Sly1, Vps45) with their cognate syntaxins. In these complexes the far N-terminal region of syntaxin binds to the SM-protein. In the first part of this thesis it is shown that Munc18a binds simultaneously to the closed conformation of syntaxin1a and to the N-terminal peptide of syntaxin1a by ITC. In addition, residual electron density on the outer surface of domain 1 of Munc18a was uncovered, a finding that had been overlooked until now. Re-refinement of the Munc18a/syntaxin1a-structure improved the electron density within this region, and residues 2 9 of syntaxin1a could be modelled. A second SM-protein/syntaxin-pair was also investigated. It was observed that the N-terminal peptide of syntaxin 16 binds to the SM-protein Vps45, while the remainder of syntaxin 16, probably in a closed conformation strongly enhances the affinity of the interaction. Collectively these data indicate that SM-proteins interact with their cognate syntaxins via a conserved binding mechanism. Two regions of syntaxin appear to cooperatively bind Munc18a. Next, the role of Munc18a in controlling SNARE complex assembly was investigated. It has previously been established, that Munc18a binds syntaxin1a and thereby blocks SNARE-complex assembly in vitro. However, how syntaxin1a can escape the tight grip of Munc18a, thus enabling its participation in SNARE complex formation remains unclear. Here it is demonstrated, that the interaction of Munc18a with the N-terminal peptide of syntaxin1a is essential for the inhibition of SNARE-complex formation. Removal of the N-terminal peptide of syntaxin1a, and either point mutations in the peptide, or in the Munc18a binding site, allowed for SNARE complex formation of Munc18a-bound syntaxin1a. These results suggest a conformational change in the Munc18a/syntaxin1a-complex. In the third section, the interaction of Munc18 and syntaxin1 and the role of Munc18 in SNARE-complex assembly in the choanoflagellate Monosiga brevicollis, a unicellular organism believed to be the closest known relative of animals, was investigated. The results indicate that not only is the binding of Munc18 to the N-terminal peptide and the closed conformation of syntaxin1 conserved, but also the regulative function of Munc18 in controlling SNARE-complex assembly in chaonoflagellates. Furthermore using light- and electron microscopy it was shown that Monosiga brevicollis appears to possess a secretion apparatus localized to the apical region of the cell.
Keywords: SNARE; membrane fusion; Munc18; ITC
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Membranfusionsereignisse zwischen den verschiedenen
Kompartimenten eukaryotischer Zellen werden durch zwei
konservierte Proteinfamilien vermittelt: SNARE- und
Sec1/Munc18 (SM)-Proteine. Die SNARE-Proteine
Syntaxin1a, SNAP-25 und Synaptobrevin2 sind in
Nervenzellen an der Fusion synaptischer Vesikel mit der
Plasmamembran beteiligt. Syntaxin1a und SNAP-25 sind
auf der Plasmamembran lokalisiert, Synaptobrevin2 auf
der Vesikelmembran. Die Komplexbildung der drei
Membranproteine zwischen Plasma- und Vesikelmembran
leitet die Fusion ein. SM-Proteine interagieren mit
SNARE-Proteinen, allerdings ist der genaue molekulare
Mechanismus dieser Interaktion noch nicht wirklich
aufgeklärt. So bindet das SM-Protein Munc18a fast die
gesamte zytosolische Domäne von Syntaxin1a in der so
genannten geschlossenen Konformation. Mehrere andere
SM-Proteine (i.e. Munc18c, Sly1, Vps45) scheinen
dagegen nur ein kurzes N-terminales Peptid für die
Bindung an ihren Syntaxinpartner zu verwenden. Im
ersten Teil dieser Arbeit konnte ich mittels ITC
zeigen, dass für eine hochaffine Bindung von Munc18a
und Syntaxin1a nicht nur Kontakte von der
geschlossenen Konformation, sondern zusätzlich
Kontakte vom N-terminalen Peptid von Syntaxin1a nötig
sind. In der Tat konnte das N-terminale Peptid in eine
zuvor übersehene Elektronendichte in der
Kristallstruktur eingefügt werden. Diese befindet sich
an der äußeren Oberfläche der Domäne 1 von Munc18a. Die
Elektronendichte konnte verfeinert werden und die
Aminosäuren 2-9 vom N-terminalen Syntaxin1a-Peptid in
die Elektronendichte eingebaut werden. Des Weiteren
wurde ein zweites SM-Protein/Syntaxin-Paar untersucht.
Auch für eine hochaffine Interaktion von Vps45 und
Syntaxin16 ist das N-terminale Peptid und der gesamte
Rest des Syntaxin16-Moleküls, sehr wahrscheinlich in
einer geschlossenen Konformation, an der Bindung
beteiligt. Meine Arbeit zeigt, dass
SM-Protein/Syntaxin-Paare über einen konservierten
Bindungsmechanismus interagieren. An der kooperativen
Bindung scheinen jeweils zwei Bereiche von Syntaxin1a
beteiligt. Im zweiten Abschnitt der Arbeit wurde der
Einfluss von Munc18a auf die SNARE-Komplexbildung
untersucht. Es ist seit einiger Zeit bekannt, dass
Munc18a Syntaxin1a bindet und die SNARE-Komplexbildung
in vitro blockiert. Bisher konnte allerdings nicht
geklärt werden, wie Syntaxin1a sich aus der festen
Umklammerung von Munc18a befreien kann. In der hier
vorliegenden Arbeit konnte gezeigt werden, dass die
Interaktion von Munc18a mit dem N-Peptid nötig ist, um
die SNARE-Komplexbildung unterbinden zu können. Wurde
das N-terminale Peptid von Syntaxin1a entfernt oder die
Bindung durch Punktmutationen im N-terminalen Peptid
bzw. in der Munc18a-Bindestelle gestört, war die
SNARE-Komplexbildung in Anwesenheit von Munc18a nicht
mehr blockiert. Dieser Befund weist auf einen möglichen
Konformationswechsel im Munc18a/Syntaxin1a-Komplex hin.
Abschließend wurde die Interaktion von Munc18 und
Syntaxin1 und die Rolle von Munc18 bei der
SNARE-Komplexbildung in dem Choanoflagellaten Monosiga
brevicollis, einem den Tieren nahe verwandter
Einzeller, untersucht. Es stellte sich heraus, dass
nicht nur die Bindung von Munc18 an das N-terminale
Peptid und die geschlossene Konformation von
Syntaxin1 in Choanoflagellaten hoch konserviert ist,
sondern auch die regulative Funktion von Munc18 bei der
SNARE-Komplexbildung. Des Weiteren legen meine licht-
und elektronenmikroskopischen Untersuchungen nahe, dass
Monosiga brevicollis einen Sekretionsapparat besitzt,
welcher sich in der apikalen Region der Zelle
befindet.
Schlagwörter: SNARE; Membranfusion; Munc18; ITC