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Phylogenetic studies of the vesicular fusion machinery

dc.contributor.advisorFasshauer, Dirk Prof. Dr.de
dc.contributor.authorKienle, Nickiasde
dc.date.accessioned2010-10-01T12:11:32Zde
dc.date.accessioned2013-01-18T14:22:09Zde
dc.date.available2013-01-30T23:50:17Zde
dc.date.issued2010-10-01de
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-0006-B698-Fde
dc.identifier.urihttp://dx.doi.org/10.53846/goediss-3157
dc.identifier.urihttp://dx.doi.org/10.53846/goediss-3157
dc.description.abstractDie eukaryotische Zelle ist in mehrere Kompartimente unterteilt, welche durch Membranen vom Rest der Zelle abgetrennt sind. Stoffaustausch zwischen Kompartimenten geschieht über vesikulären Transport. Vesikel werden am Donorkompartment abgeschnürt, wandern danach entlang des Zytoskeletts, um schliesslich mit der Membran des Zielkompartiments zu fusionieren. Verschiedene Proteinfamilien (z.B. SNARE, SNAP, Rab, SM, C2 Domänen Proteine), die im intrazellulären Transport eine entscheidende Rolle spielen, sind hoch konserviert. Dies gilt nicht nur für unterschiedliche Organismen, sondern auch für die unterschiedlichen Transportschritte innerhalb einer Zelle. Die genau Funktionsweise dieser Proteinfamilien ist häufig unklar und es existieren wenig Hinweise auf deren evolutionärer Entwicklung. Eine Untersuchung der Entstehung dieser Proteinfamilien könnte interessante Einblicke in die molekularen Ereignisse liefern. Zur Durchführung einer solchen Untersuchung bedarf es einiger technischer Voraussetzungen. Die vorliegende Arbeit beschreibt die Entwicklung des flexiblen und leistungsfähigen Tracey Verwaltungssystems (Datenbank, Java Datenbankpaket und Webseite). Dieses innovative System erlaubt die Klassifizierung und Analyse selbst von hoch komplexen und mannigfaltigen Proteinfamilien. Darüber hinaus wurde das System eingesetzt, um die SNARE Proteine in Pilzen, die SNAP Familie und die C2 Domänen in Pilzen zu untersuchen.de
dc.format.mimetypeapplication/pdfde
dc.language.isoengde
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/de
dc.titlePhylogenetic studies of the vesicular fusion machineryde
dc.typedoctoralThesisde
dc.title.translatedPhylogenetische Studien der vesikulären Fusionsmaschineriede
dc.contributor.refereeFasshauer, Dirk Prof. Dr.de
dc.date.examination2010-07-12de
dc.subject.dnb500 Naturwissenschaften allgemeinde
dc.description.abstractengThe eukaryotic cell consists of a large system of membrane delimited compartments. Material exchange between these compartments is mediated by intracellular trafficking vesicles. These vesicles bud from a donor compartment, travel along the cytoskeleton, are tethered, and finally fuse with the membrane of the target compartment. Several key protein families (e.g. SNARE, SNAP, Rab, SM, C2 domain proteins) that are involved in intracellular trafficking are highly conserved not only between species, but also between different trafficking steps. The precise molecular activity of the members of these families is often not well understood and little is currently known about the changes of individual factors during evolution. Unraveling the evolutionary history of these vesicular fusion proteins would fill the gaps and provide more insight into the molecular events. Hence, a technical basis is needed for data handling and to conduct necessary analyses. This thesis describes the development of the highly flexible and efficient Tracey management system (database, Java database package, and web interface). With this innovative system, it is possible to classify and analyze even extremely complex and versatile protein families. Consequently, the system was used to analyzed SNARE proteins in fungi, the SNAP family, and C2 domains in fungi.de
dc.contributor.coRefereeMorgenstern, Burkhard Prof. Dr.de
dc.contributor.thirdRefereeBrose, Nils Prof. Dr.de
dc.subject.topicMathematics and Computer Sciencede
dc.subject.gerSNAREde
dc.subject.gerC2 Domänede
dc.subject.gerSNAPde
dc.subject.gerEvolutionde
dc.subject.gerKlassifizierungde
dc.subject.gerDatenverwaltungde
dc.subject.engSNAREde
dc.subject.engC2 domainde
dc.subject.engSNAPde
dc.subject.engEvolutionde
dc.subject.engClassificationde
dc.subject.engData Managementde
dc.subject.bk30de
dc.identifier.urnurn:nbn:de:gbv:7-webdoc-2625-6de
dc.identifier.purlwebdoc-2625de
dc.affiliation.instituteGöttinger Graduiertenschule für Neurowissenschaften und molekulare Biowissenschaften (GGNB)de
dc.subject.gokfullRAde
dc.identifier.ppn663755271de


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