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Mechanisms underlying the nuclear transport of histones and histone-related proteins

Der Transport von Histonen und Histon-verwandten Proteinen in den Zellkern

by Jörg Kahle
Doctoral thesis
Date of Examination:2005-04-27
Date of issue:2005-11-11
Advisor:Prof. Dr. Detlef Doenecke
Referee:Prof. Dr. Detlef Doenecke
Referee:Prof. Dr. Ralf Ficner
crossref-logoPersistent Address: http://dx.doi.org/10.53846/goediss-1404

 

 

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Name:kahle.pdf
Size:8.42Mb
Format:PDF
Description:Dissertation
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Abstract

English

The CCAAT-specific transcription factor NF-Y is a heterotrimeric complex composed of NF-YA, NF-YB, and NF-YC. Each subunit contains an evolutionarily conserved core region, comprising a histone fold motif (HFM) in the case of NF-YB and NF-YC. Here, we report that in higher eukaryotes the subunits of NF-Y are imported into the nucleus by distinct pathways. Importin β mediates nuclear import of NF-YA, whereas heterodimerization of NF-YB and NF-YC is a prerequisite for nuclear accumulation conferred by importin 13. The monomeric HFM containing subunits NF-YB and NF-YC lack a functional nuclear localization signal (NLS) but the minimal sequence regions necessary for nuclear localization basically correspond to their HFMs. This indicates that in the NF-YB/NF-YC complex a distinct binding platform derived from the HFM of both subunits mediates the interactions with importin 13. This assumption was supported by the fact that binding of importin 13 to NF-YB/NF-YC was competed by NF-YA which also only binds to the dimerized HFM. NF-YA contains a nonclassical NLS (ncNLS) at the C-terminus of the protein, and mutational analysis indicates that a certain number of positively charged amino acid residues in the NLS sequence is required for nuclear accumulation. Importin β binding is restricted to the monomeric, uncomplexed NF-YA subunit.Redundant receptor-mediated pathways exist for the nuclear import of core histones. Previously, in vivo transfection experiments demonstrated that both the amino-terminal tails and the central globular domains of all core histones can serve as regions involved in nuclear targeting. However, here we report that import receptors only interact directly with the amino-terminal tails of core histones (in vitro binding and nuclear import assays). The result that globular histone domains (containing a HFM) are not recognized by importins is in line with the data obtained from the HFM containing subunits NF-YB and NF-YC and strongly suggests that the HFM represents a protein-protein interaction domain but not a NLS per se. Hence, the nuclear transport competence of globular domains of core histones in vivo depends most likely on the formation of histone heterodimers (oligomers). The results of in vitro nuclear import assays showed that the globular domain of H2B can be piggyback transported into the nucleus via the ncNLS in the amino-terminal tail of the corresponding partner histone H2A. These results further indicate that histone import signals are still accessible to importin binding when H2A and H2B are dimerized.
Keywords: transcription factor NF-Y; nucleocytoplasmic transport; importin13; histone fold motif; nuclear localization signal; core histones

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Der CCAAT-Box spezifische Transkriptionsfaktor NF-Y ist ein trimerer Komplex, bestehend aus NF-YA, NF-YB und NF-YC. Jede dieser Untereinheiten besitzt einen evolutionär konservierten Bereich, der im Fall von NF-YB und NF-YC das histone-fold-motif (HFM) als wesentliches Strukturelement enthält. In dieser Arbeit konnte gezeigt werden, dass in höheren Eukaryoten die Untereinheiten von NF-Y auf verschieden Wegen in den Zellkern importiert werden. Importinβ vermittelt den Kerntransport von NF-YA, wohingegen die Dimerisierung von NF-YB und NF-YC die Voraussetzung für einen über Importin13 vermittelten Kerntransport ist. Die NF-YB- und NF-YC-Monomere besitzen keine funktionellen Kernlokalisierungssignale (NLS), allerdings stimmen die für eine Kernlokalisierung (des Dimers) notwendigen minimalen Sequenzabschnitte mit dem jeweiligen HFM überein. Dies deutet darauf hin, dass die Basis für die Interaktion mit Importin13 durch eine Dimerisierung der HFM beider Untereinheiten geschaffen wird. Diese Annahme wurde dadurch bekräftigt, dass NF-YA (das ebenfalls nur an die dimerisierten Untereinheiten bindet) mit Importin13 um die Bindung an den NF-YB/NF-YC-Komplex konkurriert. In NF-YA wurde ein nichtklassisches NLS (ncNLS) am C-Terminus des Proteins identifiziert. Mutationsanalysen legen die Vermutung nahe, dass eine gewisse Anzahl an basischen Aminosäuren innerhalb des NLS für dessen Funktion nötig ist. Die Bindung von Importinβ an NF-YA ist auf die monomere Untereinheit beschränkt.Der Kerntransport der Core-Histone erfolgt über redundante, rezeptorvermittelte Transportwege. Frühere in vivo-Transfektionsexperimente haben offenbart, dass sowohl die Amino-terminalen Bereiche als auch die globulären Domänen der Core-Histone in der Lage sind, Fusionsproteine in den Kern zu dirigieren. In dieser Arbeit konnten wir allerdings zeigen, dass die Importfaktoren nur mit den Amino-terminalen Bereichen der Core-Histone interagieren. Die HFM-enthaltenden globulären Domänen der Core-Histone werden wie die monomeren HFM-Untereinheiten NF-YB und NF-YC nicht von Tranportfaktoren erkannt. Dies lässt darauf schließen, dass das HFM ein Protein-Protein-Interaktionsmotiv darstellt, aber kein NLS per se. Die in den in vivo-Transfektionsexperimenten gezeigte Transport-Kompetenz der globulären Domänen der Core-Histone beruht demzufolge wahrscheinlich auf der Bildung von Histon-Dimeren (-Oligomeren). Die Ergebnisse unserer in vitro-Import-Experimente zeigen, dass die globuläre Domäne von H2B über das ncNLS im Amino-terminalen Bereich des entsprechenden Partner-Histons H2A in den Zellkern transportiert werden kann. Die Ergebnisse verdeutlichen ferner, dass die Importsignale der Core-Histone auch noch nach Dimerisierung von H2A und H2B für die Importfaktoren zugänglich sind.
Schlagwörter: Transkriptionsfaktor NF-Y; nukleozytoplasmatischer Transport; Importin13; histone-fold-motif; Kernlokalisierungssignal; Core-Histone
 

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