Stability regulation of Gcn4p in Saccharomyces cerevisiae
Stabilitätsregulation von Gcn4p in Saccharomyces cerevisiae
by Katrin Bömeke
Date of Examination:2006-05-10
Date of issue:2006-05-16
Advisor:Prof. Dr. Gerhard Braus
Referee:Prof. Dr. Gerhard Braus
Referee:PD Dr. Michael Hoppert
Referee:PD Dr. Stefan Irniger
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Format:PDF
Description:Dissertation
Abstract
English
Selective rapid protein degradation is an important mechanism for distinct biological events, including cell cycle progression, signal-transduction, and differentiation. Thus, the stability of proteins involved in these cellular processes such as transcription factors, cyclin-dependent kinases, and cyclins depend on different environmental changes. The JUN homolog GCN4 of Saccharomyces cerevisiae encodes a global key regulator of a genetic network known as the general amino acid control and is therefore able to respond to starvation of amino acids. The amount of Gcn4p is mainly regulated via control of its protein synthesis in the cytoplasm and control of protein degradation in the nucleus. In sated cells, Gcn4p is weakly expressed and highly unstable, whereas its translation rate and protein stability increase upon amino acid limitation conditions.The amino acid-dependent Gcn4p degradation pathway is regulated via the phosphorylation by the nuclear cyclin-dependent kinase Pho85p in complex with the cyclin Pcl5p. As initial step of Gcn4p stabilization upon amino acid starvation the disassembly of the Pho85p/Pcl5p complex was identified. Furthermore, the proteins Pho81p, a cyclin-dependent kinase inhibitor, and Pcl7p, another Pho85p cyclin, were shown to be required for amino acid-dependent Gcn4p stabilization. Both proteins are nuclear and constantly present and not required for dissociation of Pho85p/Pcl5p in response to amino acid starvation conditions. Whereas Pho81p interacts with Pcl5p only when Gcn4p is degraded, binding to Pcl7p is a constitutive process.The Pho85p substrate specificity for Gcn4p is mediated by the unstable cyclin Pcl5p. The control of Pcl5p sub-cellular localization was analyzed as a possible mechanism required for functional specificity of the kinase/cyclin complex. Nuclear localization of Pcl5p is independent of the availability of amino acids, Pho85p, Gcn4p, and Pho81p. In contrast, the β-importin Kap95p has been identified to be required for nuclear import of this cyclin. Deletion and transfer experiments of Pcl5p and Pcl5p/Pho80p chimera were performed to analyse important domains of cyclin Pcl5p. These investigations identified a central substrate specificity domain of Pcl5p followed by a C-terminal domain providing nuclear targeting.Amino acid starvation-induced adherence depends on GCN4 expression and the cell-surface flocculin Flo11p. To analyse the importance of Gcn4p turnover for the transcriptional activity of this protein, a stabilized Gcn4p version was created by the expression of GCN4LEU267SER or deletion of PCL5. In both cases, the amino acid starvation-induced Gcn4p activity is affected, and furthermore, adhesion and FLO11 expression are not inducible in response to amino acid limitation. This suggests a linkage between transcriptional activation and protein degradation.
Keywords: Gcn4p; cyclins; transcription factor; degradation; localization
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Die selektive schnelle Proteindegradation ist ein
wichtiger Mechanismus für verschiedene biologische
Ereignisse wie Zell-Zyklus-Abläufe, Signal-Transduktion
und Differenzierung. Folglich hängt die Stabilität von
Proteinen wie Transkriptionsfaktoren, Zyklin-abhängigen
Kinasen und Zyklinen, die in diese zellulären Prozesse
involviert sind, von verschiedenen Umweltveränderungen
ab. Das dem JUN homologe
GCN4 aus Saccharomyces cerevisiae kodiert für
den globalen Schlüsselregulator eines genetischen
Systems, das als die Allgemeine Kontrolle der
Aminosäurebiosynthese bezeichnet wird und ist
dementsprechend in der Lage, auf
Aminosäuremangelbedingungen zu reagieren. Die Menge von
Gcn4p wird hauptsächlich über die Kontrolle der
Proteinsynthese im Zytoplasma und die Kontrolle der
Proteindegradation im Kern reguliert. In gesättigten
Zellen ist Gcn4p ein schwach exprimiertes und sehr
instabiles Protein, wohingegen dessen Translationsrate
und Stabilität als Antwort auf Aminosäuremangel
ansteigt.Die Aminosäure-abhängige Gcn4p Degradation wird über
dessen Phosphorylierung durch die nukleäre
Zyklin-abhängige Kinase Pho85p mit dem Zyklin Pcl5p
reguliert. Als initiierender Schritt der Gcn4p
Stabilisierung wurde die Dissoziation dieses
Kinase/Zyklin Komplexes identifiziert. Des Weiteren
konnten der Zyklin-abhängige Kinase Inhibitor Pho81p
und ein weiteres Pho85p-Zyklin, Pcl7p, identifiziert
werden, die für die Aminosäure-abhängige Stabilisierung
von Gcn4p notwendig sind. Beides sind kernlokalisierte
und konstitutiv exprimierte Proteine, die nicht für die
Dissoziation von Pho85p/Pcl5p unter Aminosäuremangel
benötigt werden. Pho81p interagiert mit Pcl5p nur unter
Gcn4p-degradierenden Bedingungen, wohingegen die
Interaktion zu Pcl7p einen konstitutiven Prozess
darstellt. Die Substrat-Spezifität von Pho85p für Gcn4p
wird durch das instabile Zyklin Pcl5p vermittelt. Die
Kontrolle der Pcl5p Lokalisierung in der Zelle wurde
als potentieller, für die funktionelle Spezifität des
Kinase/Zyklin Komplexes benötigter Mechanismus
untersucht. Die Kernlokalisierung von Pcl5p verläuft
unabhängig von Aminosäuremangelbedingungen und den
Proteinen Pho85p, Gcn4p und Pho81p. Im Gegensatz dazu
ist das β-Importin Kap95p als ein für den Kernimport
dieses Zyklins benötigtes Protein identifiziert worden.
Deletions- und Transferexperimente von Pcl5p und
Pcl5p/Pho80p Chimären wurden durchgeführt, um wichtige
Domänen des Zyklins zu ermitteln. Diese Untersuchungen
identifizierten eine zentrale
Substrat-Spezifitätsdomäne von Pcl5p gefolgt von einem
C-terminalen, für die Kernlokalisierung ausreichenden
Bereich dieses Zyklins.Die Aminosäuremangel-induzierte Adhäsion ist
abhängig von der GCN4
Expression und dem Zelloberflächen-Flokkulin Flo11p. Um
die Bedeutung der Degradation von Gcn4p für dessen
transkriptionelle Aktivität zu untersuchen, wurde durch
den Gcn4p Aminosäureaustausch Leu267Ser oder mittels
einer PCL5 Deletion eine
stabilisierte Form von Gcn4p hergestellt. In beiden
Fällen ist die Aminosäuremangel-induzierte Gcn4p
Aktivität beeinträchtigt und die Adhäsion bzw.
FLO11 Expression durch
Aminosäuremangel nicht mehr induzierbar. Das deutet
darauf hin, dass Proteinabbau und transkriptionelle
Aktivierung gekoppelte Prozesse in der Zelle sind.
Schlagwörter: Gcn4p; Zykline; Transkriptionsfaktor; Degradation; Lokalisierung