dc.contributor.advisor | Kree, Reiner Prof. Dr. | de |
dc.contributor.author | Jung, Young-Sang | de |
dc.date.accessioned | 2005-04-06T12:12:52Z | de |
dc.date.accessioned | 2013-01-18T13:31:48Z | de |
dc.date.available | 2013-01-30T23:51:03Z | de |
dc.date.issued | 2005-04-06 | de |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-0006-B6E2-5 | de |
dc.identifier.uri | http://dx.doi.org/10.53846/goediss-2665 | |
dc.description.abstract | Zur Bestimmung einer NMR Struktur folgen der
Aufnahme der NMR Spektren zwei arbeitsintensive
Schritte. Der erste ist die Zuordnung des Protein
Backbones, der zweite die Strukturrechnung. Beide sind
sehr zeitintensiv. Wir präsentieren die Programme MARS
und ITAS, um diese zu beschleunigen.MARS ist ein Programm für die robuste Zuordnung der
Resonanzen des Backbones von 13C/15N markierten
Proteinen. MARS optimiert die lokale und globale
Qualität der Zuordnungen um die Fortpflanzung
anfänglicher Zuordnungsfehler zu minimieren und eine
Aussage über besonders zuverlässige Zuordnungen machen
zu können. Es nutzt eine große Breite von NMR Daten und
toleriert unvollständige Daten. Erstmalig ist es auch
möglich, mit Hilfe von Sequenz, Strukturvorschlägen und
dipolaren Kopplungen Zuordnungen zu bekommen. Durch die
Verwendung von dipolaren Kopplungen kann bei Verwendung
von vorhandenen Strukturdaten, die Qualität der
Zuordnung dramatisch verbessert werden, auch wenn die
NMR Daten sehr unvollständig sind.ITAS berechnet gleichzeitig Strukturen und die
Zuordnung von NMR Daten und dipolaren Kopplungen. Bei
bisherigen Ansätzen ist eine sequentielle Zuordnung
Bedingung für eine Strukturrechnung. Ander bei ITAS.
Anhand einer partiellen Zuordnung wird ein
Strukturmodel bestimmt, mit dessen Hilfe die Zuordnung
verbessert wird, die wiederum für die Bestimmung eines
besseren Models genutzt werden kann. Vier bis acht
dieser iterativen Schritte, bei denen MARS eine
Zuordnung und RosettaNMR das Strukturmodel macht,
reichen aus, um eine fast vollständige Zuordnung und
einen guten Backbone RMSD zu erhalten.Die automatisierte Zuordnung alleine ist wesentlich
zeitsparender als die manuelle. Die ITAS Methode
erlaubt es sogar, zwei zeitintensive Schritte
dramatisch zu verkürzen. | de |
dc.format.mimetype | application/pdf | de |
dc.language.iso | eng | de |
dc.rights.uri | http://webdoc.sub.gwdg.de/diss/copyr_diss.html | de |
dc.title | Rapid Determination of Protein Structures in Solution Using NMR Dipolar Couplings | de |
dc.type | doctoralThesis | de |
dc.title.translated | Schneller Proteinstrukturbestimmung in Lösung mittels NMR detektierter dipolarer Kopplungen | de |
dc.contributor.referee | Griesinger, Christian Prof. Dr. | de |
dc.date.examination | 2005-01-26 | de |
dc.subject.dnb | 500 Naturwissenschaften allgemein | de |
dc.description.abstracteng | Once NMR spectra are measured, two main steps follow
to determine NMR structure. One is backbone resonance
assignment and the other is structure calculation. The
both are time consuming steps. We present program MARS
and ITAS to speed up NMR structure determination.At first, MARS is robust for automatic backbone
resonance assignment of 13C/15N labeled proteins. MARS
simultaneously optimizes the local and global quality
of assignments in order to minimize the propagation of
initial assignment errors and to extract reliable
assignments. It works with a wide variety of NMR
experiments and is robust against missing chemical
shift information. Furthermore, a new method was
implemented into MARS, which uses sequential
connectivity and experimental residual dipolar
couplings (RDCs) simultaneously for NMR resonance
assignment when structures are available. Assignment
was significantly enhanced when experimental RDCs are
additionally matched to back-calculated values from a
known three-dimensional structure. The combination of
sequential connectivity information with RDC-matching
allows for more residues to be assigned reliably and
backbone assignments to be more robust against missing
data.Secondly, ITAS simultaneously calculates protein
structure and assigns the backbone resonances using
unassigned chemical shifts and RDCs. Opposite to
conventional approaches, where sequential resonance
assignment has to be completed prior to structure
calculation, partial assignments are used to obtain
low-resolution models. These low-resolution models are
used to improve the backbone resonance assignment and
the improved assignment is again used for structure
calculation. Within four to eight iteration steps
consisting of automatic assignment using MARS and
structure calculation using RosettaNMR a nearly
complete resonance assignment and medium accuracy
structures of protein backbones are obtained.The automation of resonance assignment allows for
significant time savings for resonance assignment
compared to manual assignment. Furthermore the ITAS
automated structure calculation including automatic
resonance assignment without any manual intervention
avoids another time consuming step. | de |
dc.subject.topic | Mathematics and Computer Science | de |
dc.subject.ger | NMR-Spektoskopie | de |
dc.subject.ger | automatische verfahren | de |
dc.subject.ger | genomik | de |
dc.subject.ger | proteinstrukturen | de |
dc.subject.ger | Signalzuordnung | de |
dc.subject.eng | NMR spectroscopy | de |
dc.subject.eng | automated techniques | de |
dc.subject.eng | genomics | de |
dc.subject.eng | protein structures | de |
dc.subject.eng | resonance assignment | de |
dc.subject.bk | 42.12 | de |
dc.identifier.urn | urn:nbn:de:gbv:7-webdoc-78-0 | de |
dc.identifier.purl | webdoc-78 | de |
dc.affiliation.institute | Fakultät für Physik | de |
dc.subject.gokfull | RRA 300: Kernmagnetische Resonanz NMR- {Physik: Hochfrequenzspektroskopie} | de |
dc.identifier.ppn | 487854020 | de |