Computer-Aided Drug Design for Membrane Channel Proteins
Computergestützte Medikamentenentwicklung für Membrankanalproteine
Sören Wacker
Doctoral thesis
Date of Examination:
2012-08-07
Date of issue:
2012-09-27
Advisor:
Groot, Bert de Prof. Dr.
Referee:
Groot, Bert de Prof. Dr.
Referee:
Enderlein, Jörg Prof. Dr.
Persistent Address: http://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-000D-F08E-F
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wacker.pdf
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41,8 MB
Format:
PDF
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Abstract
English
This thesis addresses the non-covalent interaction between small chemical compounds and membrane channel proteins aiming to identify medically relevant lead structures. The first study deals with the optimization of a structure based virtual screening approach targeting the intracellular cavity of the potassium channel Kv1.2. The second study is focused on the localization of a putative binding site of molecules which inhibit the water- and glycerolchannel Aquaporin 9 (hAQP9). Finally the identification of first inhibitors of the bacterial glutamine transport system GlnPQ is covered. As an outlook first results are presented concerning a virtual screening based algorithm for the optimization of known inhibitory compounds.
Keywords: lead structure; Docking; Virtual Screening; Potassium Channel Kv1.2; Aquaporin 9; AQP9; Molecular Dynamics Simulations; GlnPQ
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Diese Arbeit befasst sich mit der
nicht-kovalenten Wechselwirkung von kleinen medikamentenähnlichen
Molekülen mit Membrankanalproteinen mit dem Ziel der
identifizierung von medizinisch relevanten Leitstrukturen. Die
erste Studie behandelt die Optimierung eines virtuellen
strukturbasierten Screeningverfahrens bezüglich des Kaliumkanals
Kv1.2. In der zweiten Studie steht die Lokalisierung der
vermeintlichen Bindungsstelle inhibierender Molküle des Wasser- und
Glyzerinkanals Aquaporin 9 (hAQP9) anhand eines Homologiemodells im
Vordergrund. Abschließend wird die Identifizierung erster das
bakterielle Glutamin-Transportsystems GlnPQ inhibierender Moleküle
beschrieben. Im Ausblick werden schließlich erste Ergebnisse eines
auf virtuellem Screening basierendenem Optimierungsalgorithmus
präsentiert.
Schlagwörter: Leitstruktur; Docking; Virtuelles Screening; Kaliumkanal; Kv1.2; Aquaporin 9; AQP9; Molecular Dynamik Simulationen; GlnPQ
