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Atomic force microscopy study on the mechanics of influenza viruses and liposomes

dc.contributor.advisorSchaap, Iwan Dr.de
dc.contributor.authorLi, Saide
dc.date.accessioned2012-11-28T16:00:00Zde
dc.date.accessioned2013-01-18T13:40:45Zde
dc.date.available2013-01-30T23:51:12Zde
dc.date.issued2012-11-28de
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-000D-F093-1de
dc.identifier.urihttp://dx.doi.org/10.53846/goediss-2900
dc.description.abstractPhysik gibt es überall dort, wo Materie: Maßnahmen wie Energie, Masse, Temperatur, Geschwindigkeit, Größe und Steifigkeit sind alle Beispiele der physikalischen Eigenschaften. Solche Mengen sind wichtige Charakterisierungen für biologische Organismen: Sie verändern die ganze Zeit während des gesamten Lebenszyklus. Für eine Bio-Mechaniker, Steifigkeit ist eine wichtige Maßnahme zur biologischen Design zu verstehen. Weil biologische Bausteine so klein wie 1 nm (Protein / DNA / Lipid) sein können, sind spezielle Techniken erforderlich, um ihre Steifigkeit zu studieren. Beide Rasterkraftmikroskopie (AFM) und optischen Pinzetten können verwendet werden, um aktiv zu verformen die Objekte an pN-nN Kräfte und messen die Verformung auf Nanometer Längenskalen werden. In dieser Arbeit AFM wird angewandt, um die Mechanik von Influenza-Viren, Liposomen und lebenden Zellen zu studieren. Das Genom von Viren von einer Proteinhülle und in einigen Fällen eine zusätzliche Lipidhülle verpackt. Dieser Verbund Shell hat widersprüchliche Rollen: er hat das virale Genom zu schützen, aber es sollte auch ermöglichen Auspacken während der viralen Infektion in das Genom zu lösen. Influenza-Virus ist das weichste Virus jemals gefunden, aber zur gleichen Zeit eine sehr hartnäckige Virus verursacht jährliche Pandemien. Ein besseres Verständnis der mechanischen Eigenschaften des Influenza-Virus kann uns helfen zu verstehen, warum das Virus so erfolgreich ist. Die mechanischen Eigenschaften von Influenza-Viren wurden durch AFM gemessen und mit den Liposomen der viralen Lipid hergestellt. Wir haben gefunden, dass die Influenzavirus-Mechanik durch seine Lipidhülle (~ 70%) werden dominiert. In Kapitel 2 haben wir gezeigt, dass anstelle der Verwendung einer starren Proteinkapsid die Lipidhülle ausreicht, um das Influenza virale Genom zu schützen. In Kapitel 3 haben wir weitere blickte in die Funktion des M1 Proteinhülle während der viralen Infektion. Ein Zwischenprodukt Auspacken Schritt wurde durch Messen der in fluenzavirale Steifigkeit bei pH 7, 6, 5,5 und 5, Bedingungen, die die Ansäuerung Umgebungen auf der viralen Infektion nachahmen Stoffwechselweg entdeckt. Der Zwischenschritt wurde weiterhin als wesentlich erwiesen für eine erfolgreiche Infektion. Wir schlagen vor, dass das Influenza-Virus hat sich zu eng synchronisiert die verschiedenen Schritte ihrer Auspacken mit pH-de
dc.format.mimetypeapplication/pdfde
dc.language.isoengde
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/de
dc.titleAtomic force microscopy study on the mechanics of influenza viruses and liposomesde
dc.typedoctoralThesisde
dc.title.translatedRasterkraftmikroskop Studie der Mechanik von Influenza-Viren und Liposomende
dc.contributor.refereeJanshoff, Andreas Prof. Dr.de
dc.date.examination2012-11-20de
dc.subject.dnb570 Biowissenschaftende
dc.subject.dnbBiologiede
dc.subject.gokWCP 000de
dc.description.abstractengPhysics exists wherever there is matter: measures such as energy, mass, temperature, speed, dimension and stiffness are all examples of the physical properties. Such quantities are important characterizations for biological organisms: they are changing all the time during the life cycle. For a bio-mechanist, stiffness is an important measure to understand biological design. Because biological building blocks can be as small as 1 nm (protein/DNA/lipid), special techniques are required to study their stiffness. Both atomic force microscopy (AFM) and optical tweezers can be used to actively deform the objects at pN-nN forces and measure the deformation on nanometer length scales. In this thesis AFM is applied to study the mechanics of influenza viruses, liposomes and living cells. The genome of viruses is packed by a protein shell and in some cases an additional lipid envelope. This composite shell has conflicting roles: it has to protect the viral genome, but it should also allow unpacking during the viral infection to release the genome. Influenza virus is the softest virus ever found, but at the same time a very persistent virus causing yearly pandemics. A better understanding of the mechanical properties of influenza virus may help us to understand why this virus is so successful. The mechanical properties of influenza viruses were measured by AFM and compared with the liposomes made of the viral lipid. We have found that, the influenza virus mechanics are dominated by its lipid envelope (~70%). In chapter 2 we proved that instead of using a rigid protein capsid, the lipid envelope is sufficient to protect the influenza viral genome. In chapter 3, we further looked into the function of the M1 protein shell during viral infection. An intermediate unpacking step was discovered by measuring the influenza viral stiffness at pH 7, 6, 5.5, and 5, conditions that mimic the acidifying environments on the viral infection pathway. The intermediate step was further proven to be essential for successful infection. We propose that the influenza virus has evolved to tightly synchronize the different steps of its unpacking with pH changes in its biological environment while traveling through the cell. By carrying out the aforementioned investigations, I have increased our understanding of how the influenza virus protects itself and how the virus structure disassembles in multiple steps during infection. The methods described in this thesis are innovative and will also be useful for the mechanical characterization of other samples. The results are also important from a virological point of view, since they indicate that enveloped viruses taken up by endocytosis may have to undergo a gradual acidification in order to reach infectivity.de
dc.contributor.coRefereeGroot, Bert de Prof. Dr.de
dc.contributor.thirdRefereeEnderlein, Jörg Prof. Dr.de
dc.subject.topicPhysicsde
dc.subject.gerInfluenza-Virusde
dc.subject.gerLiposomende
dc.subject.gerBiomechanikde
dc.subject.geratomic force microscopyde
dc.subject.gerFinite Elemente Methodede
dc.subject.gerEndozytosede
dc.subject.gerM1 Matrixproteinde
dc.subject.gerumhüllte Virusde
dc.subject.engInfluenza virusde
dc.subject.engliposomede
dc.subject.engbiomechanicsde
dc.subject.engatomic force microscopyde
dc.subject.engfinite element methodde
dc.subject.engendocytosisde
dc.subject.engM1 matrix proteinde
dc.subject.engenveloped virusde
dc.subject.bk42de
dc.identifier.urnurn:nbn:de:gbv:7-webdoc-3816-2de
dc.identifier.purlwebdoc-3816de
dc.affiliation.instituteFakultät für Physikde
dc.identifier.ppn737899158de


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