Genomics and Phylogeny of Motor Proteins: Tools and Analyses

Abstract

Die vorliegende Arbeit ist eine Zusammenstellung mehrerer Projekte, die sich zum Großteil mit genomischen und phylogenetischen Aspekten vom Myosinen befassen. Zwei Datenbank-basierte Web-Applikationen werden beschrieben. Die erste, CyMoBase (www.cymobase.org) enthält Informationen zu verschiedenen Aspekten von Motor- und Cytoskelett-Proteinen. Die zweite, diArk (www.diark.org) enthält Informationen zu mehreren hundert Spezies und Genom-Sequenzierprojekten und stellt eine große Anzahl von Genomensequenzen zur Verfügung. In einer umfangreichen Analyse der Phylogenie von 2296 Myosin-Sequenzen konnten wir den Baum des Lebens mit 328 Spezies bestimmen. Diese Studie liefert auch ein universelles Klassifizierungs-System für Myosine, welches derzeit 35 Klassen umfasst. In einer Studie zum differenziellen Splicing von Insekten-Myosinen beschreiben wir die Diversitär der Genprodukte und einen potentiell neuen Mechanismus des differenziellen Splicings. Des weiteren konnten wir aufgrund von Sequenzen von Myosin, Kinesin und Dynein die phylogenetischen Verhältnisse von 21 Insekten-Spezies mit hoher Genauigkeit bestimmen. Die Arbeit beschreibt ebenso Software zur Bestimmung von Gen-Strukturen (Scipio und WebScipio, www.webscipio.org) und zur Vorhersage von Festkörper-NMR-Spektren von Proteinen.