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Genomics and Phylogeny of Motor Proteins: Tools and Analyses

dc.contributor.advisorKollmar, Martin Dr.de
dc.contributor.authorOdronitz, Floriande
dc.date.accessioned2013-01-31T08:00:03Zde
dc.date.available2013-01-31T08:00:03Zde
dc.date.issued2008-02-19de
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-000D-F239-Ede
dc.identifier.urihttp://dx.doi.org/10.53846/goediss-3622
dc.description.abstractDie vorliegende Arbeit ist eine Zusammenstellung mehrerer Projekte, die sich zum Großteil mit genomischen und phylogenetischen Aspekten vom Myosinen befassen. Zwei Datenbank-basierte Web-Applikationen werden beschrieben. Die erste, CyMoBase (www.cymobase.org) enthält Informationen zu verschiedenen Aspekten von Motor- und Cytoskelett-Proteinen. Die zweite, diArk (www.diark.org) enthält Informationen zu mehreren hundert Spezies und Genom-Sequenzierprojekten und stellt eine große Anzahl von Genomensequenzen zur Verfügung. In einer umfangreichen Analyse der Phylogenie von 2296 Myosin-Sequenzen konnten wir den Baum des Lebens mit 328 Spezies bestimmen. Diese Studie liefert auch ein universelles Klassifizierungs-System für Myosine, welches derzeit 35 Klassen umfasst. In einer Studie zum differenziellen Splicing von Insekten-Myosinen beschreiben wir die Diversitär der Genprodukte und einen potentiell neuen Mechanismus des differenziellen Splicings. Des weiteren konnten wir aufgrund von Sequenzen von Myosin, Kinesin und Dynein die phylogenetischen Verhältnisse von 21 Insekten-Spezies mit hoher Genauigkeit bestimmen. Die Arbeit beschreibt ebenso Software zur Bestimmung von Gen-Strukturen (Scipio und WebScipio, www.webscipio.org) und zur Vorhersage von Festkörper-NMR-Spektren von Proteinen.de
dc.format.mimetypeapplication/pdfde
dc.language.isoengde
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/de
dc.titleGenomics and Phylogeny of Motor Proteins: Tools and Analysesde
dc.typedoctoralThesisde
dc.title.translatedGenomik und Abstammungsgeschichte von Motorproteinen: Werkzeuge und Analysende
dc.contributor.refereeFicner, Ralf Prof. Dr.de
dc.date.examination2008-01-23de
dc.subject.dnb570 Biowissenschaften, Biologiede
dc.subject.gokWF 200de
dc.subject.gokWF 600de
dc.description.abstractengThis work is a collection of several projects that are mainly concerned with the genomics and the phylogeny of Myosins. Two database driven web applications are described. The first, CyMoBase (www.cymobase.org) contains information about different aspects of motor- and cytoskeletal proteins. The second, diArk (www.diark.org) contains information about several hundred species and genome sequencing projects and provides a large number of eukaryotic genome sequences. In a large scale phylogenetic analysis using 2269 myosin protein sequences we were able to draw the tree of life containing 328 species. This analysis also provides a universal classification scheme for Myosins, currently encompassing 35 classes. In a study about differential splicing in insect Myosins we describe the diversity of gene products and a possibly novel mechanism of splicing. Additionally, using sequences from Myosin, Kinesin and Dynein, we were able to determine the phylogeny of 21 insect species in detail. The work also describes software for gene structure determination (Scipio and WebScipio, www.webscipio.org) and prediction of solid state NMR spectra of proteins.de
dc.contributor.coRefereeMorgenstern, Burkhard Prof. Dr.de
dc.contributor.thirdRefereeFritz, Hans-Joachim Prof. Dr.de
dc.subject.topicMathematics and Natural Sciencede
dc.subject.gerMyosinde
dc.subject.gerGenomikde
dc.subject.gerGenstrukturde
dc.subject.gerEvolutionde
dc.subject.engMyosinde
dc.subject.engGenomicsde
dc.subject.engGene Structurede
dc.subject.engEvolutionde
dc.subject.bk42.10de
dc.subject.bk42.21de
dc.subject.bk42.13de
dc.subject.bk42.20de
dc.subject.bk54.65de
dc.identifier.urnurn:nbn:de:gbv:7-webdoc-1715-0de
dc.identifier.purlwebdoc-1715de
dc.identifier.ppn591104121de


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