dc.contributor.advisor | Bickeböller, Heike Prof. Dr. | de |
dc.contributor.author | Köhler, Karola | de |
dc.date.accessioned | 2013-01-31T08:20:38Z | de |
dc.date.available | 2013-01-31T08:20:38Z | de |
dc.date.issued | 2006-03-31 | de |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-000D-F273-A | de |
dc.identifier.uri | http://dx.doi.org/10.53846/goediss-3678 | |
dc.description.abstract | Ein viel diskutiertes Problem in
genetischen Fall-Kontroll-Studien ist der Einfluss von
Populationsstratifikation auf Assoziationstests zwischen einem
genetischen Marker und der Krankheit. Eine Genotypisierung
zusätzlicher genetischer Marker ist notwendig, um störende
Assoziationen, die durch Populationsstratifikation hervorgerufen
werden, zu eliminieren. Assoziationstests, die
Populationsstrukturen berücksichtigen, folgen im allgemeinen einem
von zwei Konzepten: der Methode der genomischen Kontrollen oder der
Methode der strukturierten Assoziation.
Tests nach dem Prinzip der genomischen Kontrollen versuchen,
empirisch die Varianzinflation der Originalteststatistik zu
schätzen. Hier wird diese Methode theoretisch untersucht und es
werden einige neue Resultate über ihre Fehlerrate 1. Art
präsentiert.
Der größte Teil der Doktorarbeit beschäftigt sich mit der Methode
der strukturierten Assoziation, bei der die Populationsstruktur
direkt geschätzt wird und der Test auf Assoziation die geschätzte
Populationsstruktur berücksichtigt. Um Populationsstrukturen zu
modellieren, wird angenommen, dass die Gesamtpopulation eine
Mischung aus diskreten Subpopulationen ist. Es wird gezeigt, dass
es notwendig ist, bei Schätzung der Populationsstruktur
phänotypische Informationen zu berücksichtigen, andernfalls wird
eine systematische Verzerrung erzeugt. Außerdem wird für moderate
Populationsstratifikation eine Teststatistik vom Wald-Typ
hergeleitet.
Um den Einfluss von Populationsstratifikation auf
Fall-Kontroll-Studien innerhalb Deutschlands einzuschätzen, werden
Daten der deutschen Studie des Nationalen Genomforschungsnetzes zu
Genomischen Kontrollen analysiert.
In Simulationen werden die eingeführten Erweiterungen für die
Methode der strukturierten Assoziation mit bereits existierenden
Varianten und mit der Methode der genomischen Kontrollen
verglichen. Es werden realistische Situationen großer
Fall-Kontroll-Studien mit moderater Populationsstratifikation
betrachtet. Die Simulationen zeigen, dass der modellbasierte Ansatz
der strukturierten Assoziation, wenn er auf geeignete Weise
angewendet wird, im allgemeinen dem Ansatz der genomischen
Kontrollen überlegen ist, zumindest im Fall einfacher
Populationsstruktur, der hier simuliert wird. | de |
dc.format.mimetype | application/pdf | de |
dc.language.iso | eng | de |
dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/ | de |
dc.title | Case-Control Association Tests Correcting for Population Stratification | de |
dc.type | doctoralThesis | de |
dc.title.translated | Fall-Kontroll-Assoziationstests unter Berücksichtigung von Populationsstrukturen | de |
dc.contributor.referee | Denker, Manfred Prof. Dr. | de |
dc.date.examination | 2006-01-25 | de |
dc.subject.dnb | 310 Statistik | de |
dc.subject.gok | MED 241 | de |
dc.subject.gok | WD 100 | de |
dc.subject.gok | EGCP 100 | de |
dc.description.abstracteng | A widely discussed problem in genetic
case-control association studies is the impact of population
stratification when testing for an association between a genetic
marker and the disease. Genotyping of additional genetic markers is
necessary to eliminate spurious associations caused by population
stratification. Association tests accounting for population
structure broadly follow one of two concepts: Genomic Control or
Structured Association.
Genomic Control tests attempt to empirically estimate the variance
inflation of the original test statistic. Here we theoretically
investigate Genomic Control and present some new results about the
type-I error rate of Genomic Control.
The main focus of this thesis is on the Structured Association
approach where population structure is directly inferred and the
test of association incorporates the estimated population
structure. To model population structure we assume that the total
population is a mixture of discrete subpopulations. We show that it
is necessary to incorporate phenotypic information when inferring
population structure, otherwise a systematic bias is introduced.
Moreover, for moderate population stratification we derive a new
Wald test statistic.
To assess the impact of population stratification on case-control
studies within Germany, data of the German Genomic Control Study
are analyzed.
In simulations we compare the introduced extensions of Structured
Association to existing methods of Structured Association as well
as to Genomic Control. Realistic situations of large case-control
studies with moderate population stratification are considered. The
simulations show that the model based approach of Structured
Association, if applied appropriately, is in general superior to
the Genomic Control approach, at least in the case of simple
population structure as simulated here. | de |
dc.contributor.coReferee | Bickeböller, Heike Prof. Dr. | de |
dc.subject.topic | Mathematics and Natural Science | de |
dc.subject.ger | Fall-Kontroll-Studie | de |
dc.subject.ger | Populationsstratifikation | de |
dc.subject.ger | Genomische Kontrollen | de |
dc.subject.ger | Strukturierte Assoziation | de |
dc.subject.eng | case-control study | de |
dc.subject.eng | population stratification | de |
dc.subject.eng | Genomic Control | de |
dc.subject.eng | Structured Association | de |
dc.subject.bk | 42.11 | de |
dc.subject.bk | 44.32 | de |
dc.identifier.urn | urn:nbn:de:gbv:7-webdoc-696-5 | de |
dc.identifier.purl | webdoc-696 | de |
dc.identifier.ppn | 591103613 | de |