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Sensitivity Enhanced NMR

dc.contributor.advisorGriesinger, Christian Prof. Dr.
dc.contributor.authorLottmann, Philip
dc.date.accessioned2014-04-16T08:23:48Z
dc.date.available2014-04-16T08:23:48Z
dc.date.issued2014-04-16
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-0022-5E86-1
dc.identifier.urihttp://dx.doi.org/10.53846/goediss-4459
dc.description.abstractDas Thema dieser Arbeit ist die Sensitivitätserhöhung der Kernspinmagnetresonanzspektroskopie (NMR-Spektroskopie) für die Anwendung an biologischen Systemen durch dynamische Kernspinpolarisation (DNP). Dementsprechend wurden die experimentellen Bedingungen möglichst ähnlich zu einer physiologischen Umgebung in Lösung gewählt. Unter diesen Voraussetzungen ist der Overhauser-Effekt der zentrale Mechanismus für DNP. Dieser ist von der relativen Diffusion zwischen den Kernspins des Zielmoleküls und dem polarisierenden Molekül, welchesein ungepaartes Elektron aufweist, abhängig. Als experimenteller Ansatz für diese Arbeit wurde ein Shuttle-DNP-Spektrometer mit Proben im flüssigen Zustand ausgewählt. Hierbei wurden die Kernspins bei einem Magnetfeld von 0,34 T polarisiert und für eine hoch auflösende NMR-Detektion in ein Magnetfeld von 14,09 T transferiert. Mehrere technische Anpassungen, welche zu einer Erhöhung der Stabilität und Reproduzierbarkeit der Messungen führten, wurden sukzessiv implementiert. Für die Signale der Protonen von L-Tryptophan wurde im Hochfeld eine DNP-Verstärkung εhf von bis zu -2,4 (H<sup>η2</sup>) gemessen. Darauf aufbauend wurde ein allgemeiner Verstärkungsfaktor εglobal eingeführt. Dieser beinhaltete sowohl die Vorteile des Shuttle-DNP-Spektrometers, wie beispielsweise die schnellere Aufnahmerate der DNP-Experimente als auch die Nachteile, wie etwa die Linienverbreiterung der Signale durch die Gegenwart des polarisierenden Radikals. Anschließend wurde dieser Faktor schrittweise auf eindimensionale Messungen angewandt und an diese angepasst. Hierfür wurden die Aufbaurate der Polarisation und die Aufnahmezeit der Messungen mit DNP und Boltzmann-Polarisation optimiert, um das maximale Signal-zu-Rauschen-Verhältnis pro Messzeit zu erhalten. Diese Parameter basieren auf T1 bzw. T2∗. Das Ergebnis dieser Schritte war ein angewandter, allgemeiner Verstärkungsfaktor εapp von -4.0 für Hδ1 von L-Tryptophan. Des Weiteren wurden die Kernspineigenschaften von Protonen für DNP, wie z.B.die Relaxationsraten, gemessen und miteinander verglichen. Der daraus abgeleitete Kopplungsfaktor implizierte, dass die intermolekulare, dipolare Wechselwirkung zwischen den Kernspins des Zielmoleküls und dem Elektron des polarisierenden Radikals von der räumlichen Zugänglichkeit der Kernspins beeinflusst wurde. Zudem wurde gezeigt, dass diese Wechselwirkung am besten durch ein Model basierend auf translatorischer Diffusion beschrieben werden konnte. Mit diesem wurde der Abstand der dichtesten Annährung zwischen den Kernspins und dem ungepaartem Elektron bestimmt. Diese Abstände reichen entsprechend der Zugänglichkeit des jeweiligen Protons von 3 bis 5 Å. Darauf aufbauend wurden die DNP-Verstärkungen für Kohlenstoff gemessen. Für deuteriertes L-Tryptophan-d8,15N2,13C11 wurden Verstärkungen zwischen -0,3 und -2,5 erzielt. Durch weitere Berechnungen wurde gezeigt, dass diese Verstärkungen mit den zuvor berechneten Abständen der dichtesten Annäherung der Protonen übereinstimmten und dadurch den Ansatz des Models der translatorischen Diffusion untermauerten. In weiteren Messungen an protoniertem L-Tryptophan-15N2,13C11 wurde der Drei-Spin-Effekt erstmalig bei einem gelösten Molekül beobachtet. Dieser Effekt basierte auf der dipolaren Wechselwirkung zwischen den Spins der Protonen, Kohlenstoffkerne und Radikal-Elektronen. Er verursachte positive Signalverstärkungen von bis zu 2,3 für alle Kohlenstoffe außer dem Carbonyl-Kohlenstoff, welcher eine Signalverstärkung von -2,5 aufwies. Diese Ergebnisse waren in Übereinstimmung mit einem erweiterten Kopplungsfaktor, der die intramolekulare Wechselwirkung zwischen Kohlenstoff und Proton neben der zwischen Kohlenstoff und Elektron berücksichtigte. In einem abschließenden Schritt wurden DNP-Experimente an einem Protein (Ubiquitin-U-15N,U-13C) durchgeführt. Zu diesem Zweck wurden zweidimensionale Shuttle-DNP-1H-13C-HSQC-Spektren aufgenommen. Zum ersten Mal konnte ein DNP-Transfer zu der Oberfläche eines Proteins in Lösung nachgewiesen werden.de
dc.language.isoengde
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/
dc.subject.ddc571.4de
dc.titleSensitivity Enhanced NMRde
dc.typedoctoralThesisde
dc.contributor.refereeGriesinger, Christian Prof. Dr.
dc.date.examination2014-01-28
dc.description.abstractengThe topic of this thesis is the investigation of how sensitivity enhanced Nuclear Magnetic Resonance (NMR) spectra of biological systems could be obtained by dynamic nuclear polarization (DNP) under conditions close to their physiological environment in solution. Here, the Overhauser effect is the driving mechanism for DNP, which depends on the diffusion kinetics of the polarizer molecule with an unpaired electron and the nuclei of the target molecule. For this thesis, a liquid state shuttle DNP spectrometer was chosen, where the nuclei are polarized in a field of 0.34 T and transferred to a field of 14.09 T for high resolution NMR detection. Several technical modifications were successively implemented, which increased stability and improved reproducibility of the measurements. High-field DNP enhancements εhf up to -2.4 (Hη2 ) were measured for the proton signals of L-tryptophan. A general global enhancement factor εglobal was introduced which includes advantages and disadvantages of the shuttle DNP approach, such as an increased acquisition rate of the DNP experiments and line broadening due to the presence of the radical, respectively. Subsequently, it was applied and adapted to one-dimensional NMR measurements. For this purpose the polarization build-up time and the acquisition time was optimized for the Boltzmann polarization and the DNP measurement to gain a maximal signal-to-noise ratio per unit measurement time based on T1 and T2∗, respectively. With this, an applied global enhancement factor εapp of -4.0 for the Hδ1 of L-tryptophan was measured. Furthermore, the DNP spin properties of the protons, such as relaxation rates, were measured and compared with each other. The thereby obtained coupling factors implied that the proton accessibility for the polarizer molecule had an important influence on the intermolecular dipolar interaction between the nuclear spins of the target molecule and the electron of the polarizer. It was shown, that this interaction is described best by a model based on translational diffusion. With this model, the distance of closest approach was determined for the protons of L-tryptophan. These distances range from 3 to 5 Å corresponding to the accessibility of each respective proton. In addition, carbon DNP enhancements between -0.3 and -2.5 were measured for deuterated L-tryptophan-d8,15N2,13C11. Calculations demonstrated that these carbon enhancements were in agreement with the previously calculated distance of closest approach of the proton spins and therefore confirmed the approach of the translational diffusion model, too. In further measurements on protonated L-tryptophan-15N2,13C11, the three-spin effect was observed for the first time for a solute molecule. This effect, based on a dipolar interaction between the proton, the carbon and the electron spin, caused positive enhancements for all carbons up to 2.3, but the carbonyl carbon with an enhancement of -2.5. These findings are in agreement with an expanded coupling factor, which includes the intramolecular carbon-proton interaction alongside the intermolecular carbon-electron interaction. In a concluding step, shuttle DNP experiments were conducted on a protein (Ubiquitin-U-15N,U-13C). For this purpose, a two dimensional shuttle DNP 1H-13C-HSQC spectrum was recorded. For the first time, a DNP transfer to the surface of a protein was demonstrated in the liquid state.de
dc.contributor.coRefereeBennati, Marina Prof. Dr.
dc.subject.engDNPde
dc.subject.engNMRde
dc.subject.engPolarizationde
dc.subject.engSensitivityde
dc.identifier.urnurn:nbn:de:gbv:7-11858/00-1735-0000-0022-5E86-1-0
dc.affiliation.instituteGöttinger Graduiertenschule für Neurowissenschaften, Biophysik und molekulare Biowissenschaften (GGNB)de
dc.subject.gokfullBiologie (PPN619462639)de
dc.identifier.ppn783223439


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