Scale effects on genomic modelling and prediction

by Swetlana Berger
Doctoral thesis
Date of Examination:2015-02-03
Date of issue:2015-08-24
Advisor:Prof. Dr. Henner Simianer
Referee:Prof. Dr. Heike Bickeböller
Referee:Prof. Dr. Jan Gertheiß
Persistent Address: http://dx.doi.org/10.53846/goediss-5230

 

 

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Abstract

English

In this thesis, a novel method for scale corrected comparisons of LD structure in different genomic regions is suggested. Several aspects of scale-caused problems – from precision of marker effect estimates to accuracy of predictions for new individuals - are investigated. Furthermore, based on a comparison of the performance of different approaches, recommendations on the application of examined methods are given.
Keywords: Whole-Genome Regression; genetic architecture; accuracy of genomic predictions; Linkage Disequilibrium; simulation techniques; multicollinearity; LD structure; precision of estimates; Bayesian hierarchical model; comparison of LD structure in genomic regions; Arabidopsis

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In dieser Arbeit wird eine neue Methode für den skalenunabhängigen Vergleich von LD-Strukturen in unterschiedlichen genomischen Regionen vorgeschlagen. Verschiedene Aspekte durch Skalen verursachter Probleme – von der Präzision der Schätzung der Marke-reffekte bis zur Genauigkeit der Vorhersage für neue Individuen - wurden untersucht. Darüber hinaus, basierend auf den Leistungsvergleichen von unterschiedlichen statistischen Methoden, wurden Empfehlungen für die Verwendungen der untersuchten Methoden gege-ben.
In dieser Arbeit wird eine neue Methode für den skalenunabhängigen Vergleich von LD-Strukturen in unterschiedlichen genomischen Regionen vorgeschlagen. Verschiedene Aspekte durch Skalen verursachter Probleme – von der Präzision der Schätzung der Marke-reffekte bis zur Genauigkeit der Vorhersage für neue Individuen - wurden untersucht. Darüber hinaus, basierend auf den Leistungsvergleichen von unterschiedlichen statistischen Methoden, wurden Empfehlungen für die Verwendungen der untersuchten Methoden gegeben
 
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