Comprehensive analysis of transcription factor activity monitoring with Cis-elements coupled EXTassys in living cells

by Anna-Katharina König née Stadler
Doctoral thesis
Date of Examination:2018-07-04
Date of issue:2018-07-04
Advisor:Prof. Dr. Klaus-Armin Nave
Referee:Prof. Dr. Steven Johnsen
Referee:Prof. Dr. Dieter Kube
Persistent Address: http://dx.doi.org/10.53846/goediss-6948

 

 

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Abstract

English

The vast development in computational science enabled a revolutionary process in the whole –OMICS field (e.g. genomics, transcriptomics, proteomics etc.). Automated equipment allows an upscaling of experiments without influencing their quality. Beside that High-throughput technologies enable also time- and cost-efficiently the generation of huge datasets in molecular biology research. In this thesis the development of a newly engineered high throughput RNA barcode based reporter system for transcription factor activity readout was performed. In a proof-of-principle experiment Cis-regulatory elements coupled to EXTs were used, to monitor the activity of transcription factors during a proliferation assay. In parallel, the activity of more than thousand different transcription factor binding sites and their transcription factors were measured in different cancer cell lines and compared to each other.
Keywords: Reporter gene assays; High-throughput methods; EXTassays; transcription factor activity

German

Die enorme Entwicklung des großen Feldes der Rechnergestützten Wissenschaften ermöglicht ein revolutionäres Voranschreiten in allen Sparten des –OMICS Feldes der Molekularbiologie. Automatisierte Vorgänge ermöglichen ein Hochskalieren der Experimente, ohne die Qualität negativ zu beeinflussen. Außerdem ermöglichen Hochdurchsatz-Technologien und Hochdurchsatz-Verfahren die Generierung von großen Datensätzen in der Molekularbiologie unter dem Aspekt der Zeit- und Kosten-Effizienz. Diese Dissertationsarbeit beschreibt die Entwicklung einer neuartigen Hochdurchsatz-Methode zur Messung der Aktivität von Transkriptionsfaktoren durch einen RNA-Barcode basierten Reporter-Gen Assay. In einer Grundlagenuntersuchung wurde die Aktivität der Transkriptionsfaktoren durch Cis-Elemente, die mit EXTs verankert sind, gemessen. Hierbei wurde in verschiedenen Tumor Zelllinien parallel die Aktivität von mehr als tausend verschiedenen Transkriptionsfaktoren gemessen und ihre Aktivitätsmuster untereinander verglichen.
Schlagwörter: transcription factor activity
 
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