Der Nachweis eines Isochromosoms i[12p] in malignen Keimzelltumoren mittels qPCR
The detection of isochromosome i(12p) in malignant germ cell tumours by the use of quantitative real-time polymerase chain reaction
by Simon Filmar
Date of Examination:2021-10-06
Date of issue:2021-09-28
Advisor:PD Dr. Felix Bremmer
Referee:PD Dr. Felix Bremmer
Referee:PD Dr. Silke Kaulfuß
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Name:Simon_Filmar_Dissertation edissss.pdf
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Format:PDF
Abstract
English
The germ cell tumour is the most common malignant neoplasm in young men. The majority are germ cell tumours type II, which are divided into seminomas and non-seminomas. What these tumours have in common is that there is a pathognomonic increase in chromosomal material on the p-arm of chromosome twelve (in over 80% as isochromosome 12p). Diagnosis is made mainly with the help of histology and immunohistochemistry. Nevertheless, there are cases in which no clear assignment to a germ cell tumour origin can be made using conventional methods (e.g. somatic malignancy). Here the isochromosome 12p can serve as molecular genetic evidence of a germ cell tumour origin. Therefore, an isochromosome 12p was detected in germ cell tumours in this work with the help of the quantitative real-time polymerase chain reaction. A total of 193 cases of germ cell tumours, tumour-free testicular tissue samples, cell lines and tumours with unclear germ cell tumour origin were examined. The tissues were marked microscopically and the DNA extracted from the tumour areas. In order to be able to map the chromosomal changes in the samples, primer pairs were defined on the p- and q-arms of the twelfth chromosome. The measured amplification ratio should demonstrate the chromosomal gain and an isochromosome 12p. Isochromosome 12p negative cases were examined for a specifically overrepresented gene segment, an amplicon 12p11.2-12.1. In 90% of the germ cell tumour cases, an isochromosome 12p and in one isochromosome 12p-negative case an amplicon could be confirmed. In five cases with unclear germ cell tumour origin, the germ cell tumour origin could be proven by an isochromosome 12p in four samples. Furthermore, it could be shown in a melanoma metastasis, an epidermoid cyst (germ cell tumour type I) and a spermatocyte tumour (germ cell tumour type III) that no isochromosome 12p was present. The molecular genetic investigation of germ cell tumours has already been successfully tested with various methods (e.g. fluorescence in situ hybridization). The detection of an isochromosome 12p by means of quantitative real-time polymerase chain reaction can secure the diagnosis of a germ cell tumour in samples in which histology and immunohistochemistry are insufficient to prove a germ cell tumour origin.
Keywords: germ cell tumour; isochromosome
German
Der Keimzelltumor ist die häufigste maligne Neoplasie beim jungen Mann. Der Hauptanteil sind Keimzelltumoren Typ II, die sich in Seminome und Nicht-Seminome aufteilen. Diesen Tumoren ist gemein, dass ein pathognomonischer Zuwachs von chromosomalem Material auf dem p-Arm des Chromosoms Zwölf (in über 80 % als Isochromosoms 12p) vorliegt. Die Diagnose wird hauptsächlich mit Hilfe von Histologie und Immunhistochemie gestellt. Dennoch gibt es Fälle, in denen keine eindeutige Zuordnung zu einem Keimzelltumorursprung, durch konventionelle Methoden (z. B. somatische Malignität) geleistet werden kann. Hier kann das Isochromosom 12p als molekulargenetischer Beweis eines Keimzelltumorursprungs dienen. Daher wurde in dieser Arbeit mit Hilfe der quantitativen Real-time Polymerase-Kettenreaktion ein Isochromosom 12p in Keimzelltumoren nachgewiesen. Insgesamt wurden 193 Fälle von Keimzelltumoren, tumorfreien Hodengewebsproben, Zelllinien und Tumoren mit unklarem Keimzelltumorursprung untersucht. Die Gewebe wurden mikroskopisch markiert und die DNA aus den Tumorarealen extrahiert. Um die chromosomalen Veränderungen der Proben abbilden zu können, wurden jeweils Primerpaare auf dem p- und q-Arm des zwölften Chromosoms definiert. Das gemessene Amplifikationsverhältnis sollte den chromosomalen Zugewinn und ein Isochromosom 12p nachweisen. Isochromosom 12p negative Fälle wurden auf einen spezifisch überrepräsentierten Genabschnitt, ein Amplikon 12p11.2-12.1, untersucht. In 90 % der Keimzelltumorfälle konnte ein Isochromosom 12p und in einem Isochromosom 12p-negativen Fall ein Amplikon bestätigt werden. In fünf Fällen mit unklarem Keimzelltumorursprung konnten in vier Proben der Keimzelltumorursprung durch ein Isochromosom 12p bewiesen werden. Weiterhin konnte bei einer Melanom-Metastase, einer Epidermoidzyste (Keimzelltumor Typ I) und einem spermatozytären Tumor (Keimzelltumor Typ III) gezeigt werden, dass kein Isochromosom 12p vorlag. Die molekulargenetische Untersuchung von Keimzelltumoren wurde bereits erfolgreich mit verschiedenen Methoden (z. B. Fluoreszenz-in-Situ-Hybridisierung) erprobt. Der Nachweis eines Isochromosoms 12p mittels quantitativer Real-time Polymerase-Kettenreaktion kann in Proben, in denen Histologie und Immunhistochemie nicht ausreichen, um einen Keimzelltumorursprung zu beweisen, die Diagnose eines Keimzelltumors sichern.
Schlagwörter: Keimzelltumor; Isochromosome