Molecular characterization of Ptf1a activity during Xenopus embryogenesis
by Marie Charlotte Hedderich
Date of Examination:2012-10-18
Date of issue:2013-08-01
Advisor:PD Dr. Kristine A. Henningfeld
Referee:Prof. Dr. Tomas Pieler
Referee:Prof. Dr. Andreas Wodarz
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Description:Dissertation
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Description:Appendix 6.5
Abstract
English
A balance between inhibitory and excitatory neurons is essential for the establishment of a functional vertebrate nervous system. A key factor in regulating this balance is the bHLH transcription factor Ptf1a, which promotes a GABAergic inhibitory neuronal identity at the expense of a glutamatergic excitatory neuronal identity in the vertebrate retina, hindbrain and spinal cord. In this context, the activity of Ptf1a requires formation of a trimeric complex, in which Ptf1a binds to a commonly expressed bHLH E-protein and to a member of the Su(H) family. Ptf1a has also been shown to promote general neuronal differentiation in X. laevis embryos and explants, suggesting that Ptf1a has proneural activity. In this thesis work, the role of Ptf1a in the context of both general neurogenesis (early function) and neuronal subtype specification (late function) was investigated. Through the temporal expression analysis of known genes, Ptf1a was shown to drive neurogenesis in animal caps (naïve ectoderm) at early time points through the activation of downstream target genes similar to the proneural transcription factor Ngn2. However, at later stages, Ptf1a activated marker gene expression indicative of GABAergic neurons, while glutamatergic neuronal markers were induced by Ngn2. A mutant version of Ptf1a (Ptf1aW224A/W242A), that is unable to interact with the cofactor Su(H), maintained the ability to drive general neurogenesis, but was unable to activate GABAergic marker genes. These findings suggest that Ptf1a forms context specific transcription complexes during the development of the nervous system: a Su(H)-independent complex to drive general neurogenesis and Su(H)-dependent complex to specify GABAergic neurons. As target genes of Ptf1a during the development of the nervous system are not well defined, two independent whole transcriptome analyses were conducted to elucidate the genetic network downstream of Ptf1a. In these assays, a temporal analysis of genes induced by wild-type Ptf1a, Ptf1aW224A/W242A and Ngn2 in X. laevis animal caps was performed; direct targets for Ptf1a and Ptf1a/Su(H) were determined by activation of these transcription factors in the presence of an inhibitor of protein synthesis (CHX). Through this approach, many putative novel early and late Ptf1a target genes were identified. Further analysis of these downstream targets will give insight into how Ptf1a regulates general neurogenesis and neuronal subtype specification.
Keywords: Ptf1a; Xenopus; neurogenesis; neuronal subtype specification
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Für die Bildung eines funktionalen Nervensystems in Vertebraten ist ein Gleichgewicht zwischen inhibitorischen und exzitatorischen Neuronen essentiell. Ein Schlüsselfaktor in der Regulation dieses Gleichgewichts ist der bHLH Transkriptionsfaktor Ptf1a, welcher GABAerge inhibitorische Neurone in der Retina, dem Hinterhirn und im Rückenmark von Vertebraten spezifiziert, zugleich jedoch glutamaterge exzitatorische Neurone unterdrückt. In diesem Zusammenhang benötigt die Aktivität von Ptf1a die Bildung eines trimeren Komplexes, in welchem Ptf1a an ein allgemein exprimiertes E-Protein und an ein Mitglied der Su(H)-Familie bindet. Ptf1a fördert ebenfalls generelle neuronale Differenzierung in X. laevis Embryonen und Explantaten, was darauf hinweist, dass Ptf1a proneurale Aktivität besitzt. In dieser Doktorarbeit wurde die Rolle von Ptf1a im Zusammenhang mit genereller Neurogenese (frühe Funktion) und neuronaler Subtypen-Spezifizierung (späte Funktion) untersucht. Durch eine zeitliche Expressionsanalyse bekannter Gene konnte gezeigt werden, dass Ptf1a durch die Aktivierung von nachgeschalteten Genen, ähnlich dem proneuralen Transkriptionsfaktor Ngn2, in animalen Kappen (naives Ektoderm) zu frühen Zeitpunkten Neurogenese induziert. In späteren Stadien hingegen aktivierte Ptf1a die Expression von Markergenen, die GABAerge Neurone kennzeichnen, während neuronale glutamaterge Markergene von Ngn2 induziert wurden. Eine mutierte Version von Ptf1a (Ptf1aW224A/W242A), welche nicht in der Lage ist, mit dem Kofaktor Su(H) zu interagieren, behielt die Fähigkeit, generelle Neurogenese zu induzieren, nicht aber GABAerge Markergene zu aktivieren. Diese Ergebnisse lassen darauf schließen, dass Ptf1a in der Entwicklung des Nervensystems kontext-spezifische Transkriptionskomplexe bildet: einen Su(H)-unabhängigen Komplex zur Aktivierung genereller Neuorgenese und einen Su(H)-abhängigen Komplex zur Spezifizierung GABAerger Neurone. Da die Zielgene von Ptf1a in der Entwicklung des Nervensystems nicht genau bestimmt sind, wurden zwei unabhängige Transkriptom-Analysen durchgeführt, um das Ptf1a nachgeschaltete genetische Netzwerk aufzuzeigen. In diesen Untersuchungen wurde eine zeitliche Analyse von Genen durchgeführt, die durch wildtyp Ptf1a, Ptf1aW224A/W242A und Ngn2 in X. laevis animalen Kappen aktiviert werden; direkte Zielgene für Ptf1a und Ptf1a/Su(H) wurden bestimmt durch die Aktivierung dieser Transkriptionsfaktoren unter Vorhandensein eines Proteinsyntheseinhibitors (CHX). Durch dieses Vorgehen konnten viele mutmaßlich neue frühe und späte Zielgene von Ptf1a identifiziert werden. Eine weitere Analyse dieser nachgeschalteten Zielgene dürfte darüber Aufschluss geben, wie Ptf1a generelle Neurogenese und neuronale Subtypen-Spezifizierung reguliert.